ÁP DỤNG KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ ĐỂ ĐỊNH DANH VI KHUẨN GÂY BỆNH THƯỜNG GẶP
TÓM TẮT
Mở đầu: Việc định danh nhanh chóng vi khuẩn là điều cốt yếu trong việc điều trị bệnh nhân, đặc biệt trong những nhiễm trùng nặng. Trong những phương pháp hiện đang sử dụng tại các phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng để chẩn đoán bệnh nhiễm khuẩn, nuôi cấy vi khuẩn là phương pháp thường sử dụng nhất. Tuy nhiên, nuôi cấy đòi hỏi thời gian ít nhất từ 18-24 giờ cho vi khuẩn mọc và phải thêm nhiều thời gian nữa cho những thử nghiệm tính chất sinh-hóa để để định danh.
Mục tiêu: Khảo sát thêm một phương pháp có khả năng định danh các vi khuẩn gây bệnh thường gặp.
Phương pháp: Mười một vi khuẩn gây bệnh thường gặp, bao gôm 6 vi khuẩn Gram âm (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Salmonella typhi, Shigella flexneri, Proteus mirabilis, và Pseudomonas aeruginosa) và 5 vi khuẩn Gram dương (Staphylococcus aureus ATCC 25923, Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ATCC 43300, Streptococcus faecalis ATCC 51299, Bacillus subtilis ATCC 6633, Cory neb acterium diphtheriae ATCC 51696) đã được khuếch đại vùng nối nội của gen mã hóa cho RNA ribosom của tiểu đơn vị nhỏ và lớn, với những môi P1(5′-TTG TAC ACA CCG CCC GTC A-3′) và P2 (5′- GGT ACT TAG ATG TTT CAG TTC-3′).
Kết quả: Mỗi loài vi khuẩn khảo sát cho được một mẫu riêng biệt. Các mẫu này gôm nhiều vạch DNA khuếch đại tạo ra, có tính khác biệt rõ ràng giữa các loài.
Kết luận: Các sốliệu cho thấy tính hữu dụng của phương pháp này, có thể sử dụng, mang tính hiệu qủa và chuyên biệt cao, giúp phân biệt giữa những loài vi khuẩn gây bệnh thường gặp.
ĐẶT VẤN ĐỀ
Việc định danh chính xác vi khuẩn gây bệnh trong mẫu bệnh phẩm là yêu cầu quan trọng, thiết yếu của một phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng. Một số’ vi khuẩn mọc chậm hoặc/ và yêu cầu nuôi cấy khó khăn thì các phương pháp nuôi cấy cổ điển thường qui gặp nhiều khó khăn hay mất nhiều thời gian nhiều tuần, đôi khi nhầm lẫn. Nhiều nghiên cứu cho thấy các phương pháp định danh cổ điển dựa trên hình thể học và phản ứng sinh hóa của những bộ kit thương mại thông dụng, phổ biến trên thế’ giới như API hoặc hệ thống định danh tự động VITEK 2 (automated identification system) khá đắt tiền dành cho vi khuẩn gây bệnh cũng có một tỉ lệ không định danh được hoặc nhầm lẫn(1).
Các phương pháp sinh học phân tử với ưu thế cho kết qủa định danh nhanh chóng (khoảng 1 ngày so với trung bình 3 ngày của phương pháp cổ điển), chính xác vi khuẩn gây bệnh là hết sức cần thiết trong những bệnh nhiễm nặng (nhiễm trùng huyết, viêm màng não v.. .v…), để từ đó có kết qủa kháng sinh đồ phù hợp, phác đồ điều trị kháng sinh hiệu qủa góp phần trong chiến lược sử dụng kháng sinh tốt trong bệnh viện. Tất cả sẽ ảnh hưởng đến việc làm giảm thời gian và chi phí điều trị, tỉ lệ tử vong cũng như kiểm soát việc gia tăng tính đề kháng kháng sinh(2A
Trong vòng 10 năm qua, kỹ thuật sinh học phân tử đã được sử dụng rộng rãi xác định tính đa hình hoặc/và để đinh danh vi khuẩn tới loài, dựa trên việc khuếch đại những vùng bảo thủ trong vùng nối nội của gen mã hóa cho RNA ribosom (rRNA) cho tiếu đơn vị nhỏ và lớn (16S và 23S rRNA), gọi chung là phương pháp định týp ribosom (ribotyping). Số’ lượng và kích thước những vùng DNA khuếch đại mang tính đặc trưng cho từng loài sẽ giúp định danh các vi khuẩn gây bệnh<3’6’7’8’9’10). Chưa có nhiều nghiên cứu định danh các vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật này tại Việt nam. Đề tài nhằm khảo sát thêm một phương pháp áp dụng kỹ thuật sinh học phân tử, có khả năng định danh các vi khuẩn gây bệnh thường gặp.
Hy vọng sẽ giúp ích cho các bạn, cũng như mở ra con đường nghiên cứu, tiếp cận được luồng thông tin hữu ích và chính xác nhất