Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, các yếu tố tiên lượng và một số kiểu gen vi khuẩn ở bệnh nhân nhiễm Streptococcus suis điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương (2015 – 2018)

by

Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, các yếu tố tiên lượng và một số kiểu gen vi khuẩn ở bệnh nhân nhiễm Streptococcus suis điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương (2015 – 2018)

Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, các yếu tố tiên lượng và một số kiểu gen vi khuẩn ở bệnh nhân nhiễm Streptococcus suis điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương (2015 – 2018).Streptococcus suis (Liên cầu lợn) là cầu khuẩn Gram dương có khả năng gây bệnh trên người với bệnh cảnh lâm sàng đa dạng như viêm màng não, nhiễm khuẩn huyết, viêm phổi, viêm nội tâm mạc…[1]. Bệnh do S. suis đang là một vấn đề thời sự trong chuyên ngành Truyền Nhiễm do những yếu tố về dịch tễ rất đặc biệt và hậu quả trên lâm sàng rất nặng nề nếu bệnh nhân không được chẩn đoán và điều trị sớm. Bệnh lây từ động vật (chủ yếu là lợn) sang người qua thói quen ăn uống thực phẩm sống [2] và vết xây xước trên da trong quá trình giết mổ, chế biến thịt lợn nên việc dự phòng rất khó khăn [3],[4]. Bệnh có khả năng thành dịch với tỷ lệ tử vong cao từ 12,8% [5] đến 27,9% [6]. Bệnh nhân nhiễm S. suis sau khi ra viện có thể để lại các di chứng nặng nề như điếc từ 50% – 66,4% [7],[8], rối loạn tiền đình (22,7%) [5], hoại tử chi ở bệnh nhân sốc nhiễm khuẩn là 86,7% (13/15) [9]. Những biến chứng này rất ít khả năng hồi phục, dẫn đến những gánh nặng lớn về sức khoẻ cũng như kinh tế cho bệnh nhân [10],[11].

Thông qua giao thương, tỷ lệ mắc cũng như lan truyền các chủng S. suis giữa các quốc gia và vùng lãnh thổ trên thế giới đang có xu hướng ra tăng [12]. Tính đến năm 2014, trên toàn thế giới ghi nhận 1642 trường hợp nhiễm S. suis được công bố, bệnh chủ yếu tập trung tại khu vực Châu Á (90,2%) [13]. Tại Việt Nam, bệnh xếp hàng thứ 6/10 bệnh truyền nhiễm có tỷ lệ mắc và tử vong cao nhất [14]. S. suis kháng gần như hoàn toàn với các kháng sinh nhóm tetracycline, erythromycin [15], một số chủng bắt đầu kháng với ceftriaxon và fluoroquinolone [16],[17]. Các gen kháng thuốc, plasmid được tìm thấy như erm(B) (erythromycin), cat (chloramphenicol), tet(M), tet(O), tet(L) (tetracyclin) cũng tăng nguy cơ lan truyền sự kháng thuốc giữa các chủng S. suis [18]. Cùng với việc chẩn đoán và điều trị muộn dẫn đến tăng tỷ lệ tử vong cũng như gánh nặng bệnh tật. 
Các nghiên cứu trên thế giới cho thấy có hơn 20 gen liên quan tới yếu tố độc lực của S. suis, trong đó, 03 gen độc lực chính của vi khuẩn bao gồm mrp, sly, epf có liên quan chính tới quá trình gây bệnh [19]. Tại Việt Nam, các nghiên cứu về gen kháng thuốc và gen liên quan đến độc lực của S. suis chủ yếu ở khu vực phía Nam trên các thể bệnh viêm màng não [8],[20],[21],[22]. Khu vực Miền Bắc và Miền Trung một số báo cáo đề cập đến bệnh cảnh viêm màng não [23],[24],[25], sốc nhiễm khuẩn [9], nhưng chưa có nghiên cứu nào đề cập đến các kiểu gen gây bệnh cũng như sự phân bố các kiểu gen này trên các thể lâm sàng. Mặc dù bệnh lưu hành rộng rãi nhưng chưa có một nghiên cứu nào trong nước đánh giá tổng thể về đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, các yếu tố tiên lượng cũng như một số yếu tố độc lực của vi khuẩn. Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương là tuyến chuyên khoa đầu ngành về tiếp nhận, chẩn đoán và điều trị bệnh do liên cầu lợn. Hệ thống xét nghiệm của Bệnh viện vô cùng hiện đại, có sự hợp tác chặt chẽ với đơn vị nghiên cứu lâm sàng Trường Đại học Oxford của Anh (OUCRU), do đó các xét nghiệm tại đây có độ chính xác và tin cậy rất cao. Vì vậy, chúng tôi tiến hành nghiên cứu này tại Bệnh viện nhằm 3 mục tiêu: 
1.    Tìm hiểu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng và các thể bệnh do Streptococcus suis gây ra ở người.
2.    Xác định các yếu tố tiên lượng tử vong ở bệnh nhân bị bệnh do Streptococcus suis.
3.    Đánh giá mức độ nhạy cảm với kháng sinh và phát hiện một số gen kháng thuốc, gen độc lực của Streptococcus suis.
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ
    
1.        Thân Mạnh Hùng, Phạm Thị Nhung, Đình Văn Huy, Nguyễn Văn Kính (2016), “Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học, lâm sàng và các yếu tố tiên lượng bệnh nhân nhiễm Streptococcus suis tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương 2015 – 2016”. Tạp chí Truyền Nhiễm Việt Nam, số 4 năm 2016. Trang 25 – 29.
2.        Doãn Thế Hà, Thân Mạnh Hùng, Trần Mai Hoa và cộng sự (2018), “Phát hiện Sequence type mới của Streptococcus suis ở bệnh nhân viêm màng não tại miền Bắc Việt Nam”. Tạp chí Truyền nhiễm Việt Nam, số 4 (24). Trang 30 – 35.

MỤC LỤC
ĐẶT VẤN ĐỀ    1
Chương 1: TỔNG QUAN    3
1.1.    Đặc điểm vi sinh vật và cơ chế gây bệnh của Streptococcus suis    3
1.1.1.    Lịch sử phát hiện    3
1.1.2.    Hình thể và tính chất bắt màu    3
1.1.3.    Tính chất nuôi cấy    4
1.1.4.    Tính chất hoá sinh học    4
1.1.5. Cơ chế bệnh sinh của Streptococcus suis    5
1.2.    Dịch tễ học nhiễm streptococcus suis ở người    8
1.2.1    Tình hình nhiễm S. suis trên thế giới    8
1.2.2. Tình hình nhiễm S. suis ở Việt Nam    11
1.3.    Các thể lâm sàng và yếu tố tiên lượng tử vong bệnh nhân nhiễm S. suis    13
1.3.1. Bệnh cảnh lâm sàng của bệnh nhân nhiễm S. suis    13
1.3.2. Các yếu tố tiên lượng bệnh nhân nhiễm Streptococcus suis    16
1.4.    Chẩn đoán và điều trị bệnh nhân nhiễm Streptococcus suis    19
1.4.1. Chẩn đoán    19
1.4.2. Điều trị    22
1.5.    Kháng kháng sinh và các yếu tố độc lực của S. suis    23
1.5.1. Tình hình kháng kháng sinh của S. suis trên thế giới    23
1.5.2. Tình hình kháng kháng sinh của S. suis tại Việt Nam    24
1.5.3. Các cơ chế đề kháng với kháng sinh của Streptococcus suis    25
1.5.4. Các yếu tố độc lực của Streptococcus suis    26
1.6.    Kĩ thuật sinh học phân tử và ứng dụng nghiên cứu S. suis    29
1.6.1. Phương pháp giải  trình tự gen thế hệ mới    29
1.6.2. Một số ứng dụng của kĩ thuật giải trình tự gen    30
 
Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU    33
2.1.    Đối tượng nghiên cứu    33
2.1.1.    Tiêu chuẩn chọn bệnh nhân    33
2.1.2.    Tiêu chuẩn loại trừ bệnh nhân    34
2.2.    Thiết kế nghiên cứu    34
2.3.    Cỡ mẫu nghiên cứu    34
2.4.    Phương pháp nghiên cứu    34
2.4.1. Tóm tắt sơ đồ nghiên cứu    35
2.4.2. Các bước tiến hành    36
2.5.    Các tiêu chuẩn, kĩ thuật sử dụng trong nghiên cứu    44
2.5.1. Tiêu chuẩn chẩn đoán sốc nhiễm khuẩn     44
2.5.2. Tiêu chuẩn chẩn đoán nghiện rượu    45
2.5.3. Kĩ thuật xác định Streptococcus suis bằng Realtime PCR     46
2.5.4. Kĩ thuật nuôi cấy, định danh S. suis    48
2.5.5. Kĩ thuật kháng sinh đồ và xác định MIC bằng E-test    50
2.5.6. Kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ mới    53
2.5.7. Quy trình phân tích số liệu sử dụng phần mềm tin sinh học    53
2.6.    Thu thập số liệu    55
2.7.    Phân tích và xử lí số liệu.    55
2.8.    Địa điểm nghiên cứu    55
2.9.    Thời gian nghiên cứu.    55
2.10. Đạo đức trong nghiên cứu    55
Chương 3: KẾT QUẢ    56
3.1.    Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của nhóm nghiên cứu    56
3.1.1.    Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu    56
3.1.2.    Đặc điểm lâm sàng    58
3.1.3.    Đặc điểm cận lâm sàng    62
3.1.4.    Kết quả điều trị    65
3.2.    Các yếu tố tiên lượng tử vong của bệnh nhân nghiên cứu    68
3.3.    Tình trạng kháng kháng sinh và kết quả sinh học phân tử    74
3.3.1.    Tình trạng kháng kháng sinh của S. suis    75
3.3.2.    Phân bố các typ huyết thanh    79
3.3.3.    Phân bố các sequence type    80
3.3.4.    Sự xuất hiện các gen độc lực    81
3.3.5.    Một số kết qủa giải trình tự gen khác    84
Chương 4: BÀN LUẬN    88
4.1.    Đặc điểm dịch tễ học lâm sàng của nhóm nghiên cứu    88
4.1.1.    Đặc điểm về tuổi, giới tính và nghề nghiệp    88
4.1.2. Đặc điểm về địa dư và phân bố theo các năm    89
4.1.3. Đặc điểm về đường lây nhiễm và bệnh lý nền của nhóm nghiên cứu    90
4.2.    Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng và các thể bệnh do S. suis gây ra ở người    92
4.2.1. Đặc điểm khởi phát bệnh    92
4.2.2. Các thể lâm sàng bệnh nhân nhiễm S. suis    93
4.2.3. Đặc điểm lâm sàng    94
4.2.4. Đặc điểm cận lâm sàng    96
4.2.5. Kết quả xét nghiệm tìm căn nguyên gây bệnh    101
4.3.    Kết quả điều trị và các yếu tố tiên lượng tử vong    101
4.3.1.    Kết quả điều trị    101
4.3.2.    Điều trị cụ thể trên bệnh nhân    103
4.3.3.    Biến chứng của bệnh nhân nhiễm S. suis    104
4.3.4.    Các yếu tố tiên lượng tử vong    107
4.4.    Tình trạng kháng kháng sinh    110
4.5.    Một số kết quả sinh học phân tử    111
4.5.1.    Một số gen kháng kháng sinh của S. suis    111
4.5.2.    Typ huyết thanh của các chủng S. suis phân lập được    113
4.5.3.    Sequence type (ST) của các chủng S. suis    114
4.5.4.    Gen độc lực    116
4.5.5.    Cây phân loài của các chủng    118
4.5.6.    Phát hiện 02 chủng ST25, ST28 chưa từng được báo cáo ở Việt Nam    119
4.5.7.    Phát hiện 02 chủng chưa xác định Sequences type    120
KẾT LUẬN    122
KIẾN NGHỊ    124
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC
 
DANH MỤC BẢNG
Bảng 2.1.     Bảng điểm AUDIT-C đánh giá tình trạng sử dụng rượu    45
Bảng 3.1.     Tình trạng phơi nhiễm    57
Bảng 3.2.     Bệnh lý nền    58
Bảng 3.3.     Triệu chứng cơ năng của bệnh nhân    59
Bảng 3.4.     Triệu chứng cơ năng của từng thể bệnh    60
Bảng 3.5.     Triệu chứng thực thể của bệnh nhân    61
Bảng 3.6.     Triệu chứng thực thể của từng thể    61
Bảng 3.7.     Biến đổi công thức máu    62
Bảng 3.8.     Biến đổi sinh hóa máu    62
Bảng 3.9.     Biến đổi marker nhiễm trùng    63
Bảng 3.10.     Biến đổi kết quả đông máu    63
Bảng 3.11.     Biến đổi DNT ở BN có VMN khi nhập viện    64
Bảng 3.12.     Kết quả xác định căn nguyên trong DNT và máu    64
Bảng 3.13.     Kết quả điều trị    65
Bảng 3.14.     Kháng sinh điều trị    66
Bảng 3.15.     Can thiệp hồi sức theo điểm Glasgow    67
Bảng 3.16.     Biến chứng khi ra viện    67
Bảng 3.17.     Biến chứng điếc ở bệnh nhân có VMN    68
Bảng 3.18.     Liên quan đặc điểm dịch tễ học lâm sàng và tử vong    68
Bảng 3.19.     Mô hình hồi quy các yếu tố dịch tễ liên quan đến tử vong    69
Bảng 3.20.     Liên quan giữa một số đặc điểm lâm sàng và tử vong    69
Bảng 3.21.     Mô hình hồi quy các yếu tố lâm sàng liên quan đến tử vong    70
Bảng 3.22.     Liên quan giữa biến đổi chức năng gan, thận và tử vong    71
Bảng 3.23.     Mô hình hồi quy chức năng gan, thận liên quan đến tử vong    72
Bảng 3.24.     Liên quan giữa biến đổi đông máu và tử vong    72
Bảng 3.25.     Mô hình hồi quy biến đổi đông máu liên quan đến tử vong    73
Bảng 3.26.     Liên quan giữa biến đổi marker nhiễm trùng với tử vong    73
Bảng 3.27.     Mô hình hồi quy các marker nhiễm trùng liên quan đến tử vong    74
Bảng 3.28.     Mức độ nhạy cảm của S. suis với các kháng sinh    75
Bảng 3.29.     Plasmid trong các mẫu bệnh phẩm phân lập    77
Bảng 3.30.     Mối liên quan giữa plasmid và các gen kháng thuốc    78
Bảng 3.31.     Sự xuất hiện gen kháng thuốc và tỉ lệ kháng thuốc trên kháng sinh đồ    79
Bảng 3.32.     Phân bố các typ huyết thanh    79
Bảng 3.33.     Mối liên quan giữa serotype với tình trạng tử vong và biến chứng điếc    80
Bảng 3.34.     Phân bố sequence type trong các nhóm bệnh nhân    80
Bảng 3.35.     Mối liên quan giữa MLST với tình trạng tử vong và biến chứng điếc    81
Bảng 3.36.     Phân bố các gen độc lực    81
Bảng 3.37.     Gen độc lực và tình trạng tử vong    82
Bảng 3.38.     Gen độc lực và tình trạng điếc    82
Bảng 3.39.     Gen độc lực với MLST    83

 
DANH MỤC BIỂU ĐỒ
Biểu đồ 3.1. Phân bố ca bệnh theo tháng trong năm 2015-2018    56
Biểu đồ 3.2. Các thể lâm sàng của bệnh    59
Biểu đồ 3.3. Tỉ suất tử vong trong thời gian nằm viện giữa các thể lâm sàng    66
Biểu đồ 3.4. Tỉ lệ nhạy cảm với kháng sinh của S. suis    75
Biểu đồ 3.5. Phân bố các chủng S. suis theo các giá trị MIC của ceftriaxone    76
Biểu đồ 3.6. Phân bố các chủng S. suis theo các giá trị MIC của ampicillin    76
Biểu đồ 3.7. Tần xuất xuất hiện các gen kháng thuốc    77
Biểu đồ 3.8. Tổ hợp các gen độc lực trên các chủng S. suis phân lập    83

 
DANH MỤC HÌNH
Hình 1.1.     S. suis dưới kính hiển vi    4
Hình 1.2.     S. suis khi nhuộm Gram    4
Hình 1.3.     Tình hình nhiễm S. suis tại Việt Nam    12
Hình 1.4.     Ban xuất huyết hoại tử của bệnh nhân nhiễm S. suis tại Trung Quốc    20
Hình 1.5.     Quy trình giải trình tự bằng công nghệ Illumina    30
Hình 3.1.     Phân bố bệnh nhân theo vùng địa lý    57
Hình 3.2.     Cây phân loài các chủng trong nghiên cứu và một số yếu tố liên quan    84
Hình 3.3.     So sánh toàn bộ trình tự gen các chủng S. suis phân lập có ST chưa xác định với chủng tham chiếu BM407     85
Hình 3.4.     So sánh toàn bộ trình tự gen 02 chủng S. suis phân lập có ST chưa xác định với chủng ST1 trong nhóm bệnh nhân sốc nhiễm khuẩn và chủng tham chiếu BM407    86
Hình 3.5.     So sánh toàn bộ trình tự gen 02 chủng S. suis phân lập có ST chưa xác định với chủng ST khác và chủng tham chiếu BM407    87

Leave a Comment