Đánh giá hiệu quả tách chiết ADN của vi khuẩn trực tiếp từ phân

Tiêu chảy là một trong những vấn đề quan trọng về sức khỏe, đặc biệt đối với trẻ em trên toàn thế giới. Tiêu chảy chiếm vị trí thứ hai về tỷ lệ tử vong ở trẻ em dưới 5 tuổi do mắc các bệnh nhiễm khuẩn (chỉ sau nhiễm khuẩn đường hô hấp). Tiêu chảy còn là nguyên nhân quan trọng gây suy dinh dưỡng, ảnh hưởng đến sự tăng trưởng của trẻ. Ước tính mỗi năm có khoảng 4 -10 triệu trường hợp tử vong do tiêu chảy, trong đó phần lớn là trẻ dưới 5 tuổi. Số trẻ em bị bệnh tiêu chảy chiếm khoảng 22% tổng số trẻ em nằm viện [2]. Từ khi thành lập Chương trình Quốc gia Phòng chống Bệnh tiêu chảy năm 1982, số lượt tiêu chảy hàng năm trên mỗi trẻ đã giảm xuống, từ 2,2 lượt năm 1985 xuống còn 1,8 lượt năm 1990, và 1,3 lượt năm 2003. Tỷ lệ tử vong do tiêu chảy cũng giảm 2,4% ; 1,4% và 0,7% trong lần lượt các năm 1986-1987, 1990-1991, và 2003 [8].

Có nhiều tác nhân vi sinh vật gây tiêu chảy như vi khuẩn, vi rút, ký sinh trùng. Trong đó, các căn nguyên vi khuẩn đóng vai trò quan trọng. Một số vi khuẩn hay gây tiêu chảy thường gặp là Salmonella spp; Shigella spp; Escherichia coli gây tiêu chảy (Diarrheagenic Escherichia coli-DEC). Đặc biệt gần đây, vai trò của DEC đang thu hút được sự quan tâm của các bác sĩ lâm sàng và các nhà vi sinh.

Có nhiều phương pháp xác định các căn nguyên vi khuẩn gây tiêu chảy: Phương pháp định danh kinh điển sử dụng các tính chất sinh vật hóa học và ngưng kết với kháng huyết thanh đặc hiệu; Phương pháp thử nghiệm trên động vật thí nghiệm; Phương pháp miễn dịch; Phương pháp sử dụng kỹ thuật nuôi cấy trên tế bào; Các phương pháp sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử như lai ADN, phản ứng khuyếch đại gen – Polymerase Chain Reaction (PCR). Trong số các phương pháp trên, PCR rất hay được dùng vì kỹ thuật này có độ nhạy và độ đặc hiệu rất cao [8]. Tuy nhiên cho tới nay, phần lớn các qui trình sử dụng PCR để xác định các vi khuẩn nói chung và vi khuẩn gây tiêu chảy nói riêng, đều thông qua bước cấy bệnh phẩm phân trên các môi trường đặc, rồi tiến hành chọn lựa các khuẩn lạc để tách chiết ADN của vi khuẩn cho phản ứng PCR. Như vậy, cần ít nhất 24-30 giờ để phát hiên được sự có mặt của vi khuẩn gây tiêu chảy trong phân [33].

Trên lâm sàng, việc xác định nhanh các căn nguyên vi khuẩn có ý nghĩa rất quan trọng trong chẩn đoán và lựa chọn chế đô điều trị thích hợp cho bệnh nhân. Nếu có thể sử dụng kỹ thuật PCR với ADN tách chiết trực tiếp từ phân sẽ giúp cho qui trình xác định căn nguyên vi khuẩn gây tiêu chảy chỉ còn vài giờ. Điều này sẽ góp phần quan trọng trong quá trình chẩn đoán và điều trị. Chính vì vậy, chúng tôi tiến hành đề tài “Đánh giá hiệu quả tách chiết ADN của vi khuẩn trực tiếp từ phân” với 2 mục tiêu sau:

ỉ. Phát triển qui trình tách chiết ADN của E. coli gây tiêu chảy trực tiếp từ phân.

2. Đánh giá hiệu quả tách chiết ADN trực tiếp từ phân