DỰ ĐOÁN ẢNH HƯỞNG VÀ XÂY DỰNG QUY TRÌNH ARMS-PCR PHÁT HIỆN SNP Q324H Ở GEN MUTYH
DỰ ĐOÁN ẢNH HƯỞNG VÀ XÂY DỰNG QUY TRÌNH ARMS-PCR PHÁT HIỆN SNP Q324H Ở GEN MUTYH
Nguyễn Hữu Huy*, Lê Minh Khôi**, Nguyễn Thị Băng Sương**
TÓM TẮT :
Mở đầu: Protein MUTYH là enzyme DNA glycosylase có vai trò quan trọng trong hệ thống sửa chữa cắt bỏ base giúp ngăn chặn các đột biến do các gốc oxy hóa tự do. Các đột biến ở gen MUTYH gây nên bệnh đa polyp liên quan đến gen MUTYH (MAP – MUTYH -associated polyposis) dẫn đến ung thư đại trực tràng. Nhiều nghiên cứu in vitro và lâm sàng đã xác định SNP Q324H làm suy giảm hoạt tính của protein MUTYH và gia tăng nguy cơ ung thư đại trực tràng.
Mục tiêu: Nghiên cứu ứng dụng phương pháp multiplex ARMS- PCR trong xây dựng quy trình chẩn đoán phát hiện SNP Q324H ở gen MUTYH và dự đoán ảnh hưởng của đột biến lên mô hình cấu trúc protein MUTYH.
Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Phần mềm tin sinh học được sử dụng để mô hình hóa cấu trúc 3D protein MUTYH đột biến Q324H. DNA genome của 9 người đã được giải trình tự gen MUTYH và mẫu máu của 9 bệnh nhân ung thư đại trực tràng.. DNA genome được tách chiết bằng kit QIAamp DNA Blood Mini và dùng làm khuôn cho phản ứng Multiplex-ARMS -PCR. 4 mồi được thiết kế bằng các phần mềm chuyên dụng và điều kiện phản ứng PCR được tối ưu hóa.Kết quả PCR được phân tích sau khi điện di trên gel agarose.
Kết quả: Xây dựng thành công mô hình cấu trúc không gian 3D của protein MUTYH SNP Q324H và phân tích những tác động lên cấu trúc protein. Phản ứng Multiplex-ARMS PCR được tối ưu ở nhiệt độ bắt cặp là 60oC và nồng độ mồi ARMS_F là 0,1µM, mồi ARMS_R 0,5 μM, mồi Exon_12_13F 0,5 μM, mồi Exon_12_13R 0,5 μM. Với điều kiện tối ưu này, kết quả khảo sát 9 mẫu bệnh nhân đã phát hiện 2 bệnh nhân đồng hợp và 5 bệnh nhân dị hợp SNP Q324H.
Kết luận: Xây dựng thành công quy trình phát hiện SNP Q324H ở gen MUTYH bằng phương pháp ARMS-PCR và dự đoán ảnh hưởng của SNP Q324H.
Hy vọng sẽ giúp ích cho các bạn, cũng như mở ra con đường nghiên cứu, tiếp cận được luồng thông tin hữu ích và chính xác nhất