Nghiên cứu đa hình đơn nucleotid rs1799796 của gen XRCC3 trên bệnh nhân ung thư vú

by

Nghiên cứu đa hình đơn nucleotid rs1799796 của gen XRCC3 trên bệnh nhân ung thư vú

Nghiên cứu đa hình đơn nucleotid rs1799796 của gen XRCC3 trên bệnh nhân ung thư vú.Ung thư vú (UTV) là bệnh lý ác tính phổ biến hàng đầu ở phụ nữ trong cả hai khu vực phát triển và đang phát triển, phổ biến thứ 2 trên thế giới sau ung thư phổi. Theo hiệp hội nghiên cứu ung thư thế giới GLOBOCAN, tính tới năm 2018, cả thế giới có 2,08 triệu ca UTV mới được chẩn đoán (chiếm 25 % tổng số ung thư).Ở Việt Nam, tính tới năm 2018, số ca mắc ung thư vú trên cả nước là 15229 với  6103 ca tử vong [1].
Việt Nam mặc dù có tỉ lệ mắc UTV thấp hơn so với các nước phát triển nhưng tỉ lệ tử vong lại cao hơn do bệnh nhân thường đến viện khám và chẩn đoán muộn (thường ở giai đoạn 2) trong khi ở các nước phát triển thường được chẩn đoán sớm ở giai đoạn 0 hoặc 1. Điều đó cho thấy rằng việc tìm kiếm các phương pháp chẩn đoán sớm, kinh tế, đơn giản và đầy đủ hơn cho ung thư vú ở người Việt Nam là hết sức cần thiết.

Mặc dù cơ chế chính xác của ung thư vú vẫn chưa được hiểu rõ, nhưng đã có rất nhiều yếu tố được xác định có liên quan đến sự hình thành và phát triển của ung thư vú như yếu tố di truyền, tuổi tác, nội tiết, tiền sử sản phụ khoa…  Ngoài ra, sự tiếp xúc với các yếu tố môi trường như bức xạ ion hóa, một số chất hóa học… cũng có liên quan đến tăng nguy cơ ung thư vú [2].Việc phân tích mối liên quan giữa bệnh và các yếu tố nguy cơ giúp cho các nhà khoa học có thể đưa ra các phương pháp theo dõi hoặc can thiệp sớm với những người có nguy cơ cao mắc bệnh. Ngoài các yếu tố ngoại cảnh thì yếu tố gen mang những vai trò vô cùng quan trọng. Các nghiên cứu đã chỉ ra rằng sự phá vỡ sợi đôi DNA gây ra bởi bức xạ ion hóa có liên quan tới nguy cơ gia tăng đáng kể về mặt thống kê đối với ung thư vú [3]. Một số nghiên cứu cũng đã chứng minh mối liên hệ chặt chẽ giữa mức độ tổn thương DNA cao hơn và khả năng sửa chữa DNA thấp hơn ở bệnh nhân ung thư vú [4].Một số đột biến nghiêm trọng trong các gen sửa chữa DNA được chứng minh là gây ra các rối loạn như Xeroderma sắc tố; tuy nhiên, một loạt các đa hình phổ biến được báo cáo là có liên quan đến các khiếm khuyết nhẹ trong sửa chữa DNA có thể khiến một người phát triển các dạng ung thư khác nhau [5] [6].
Cùng với sự tiến bộcủa kĩ thuật sinh học phân tử, các nhà khoa học đã phát hiện ra gen XRCC3 (X-ray repair cross-complementing group 3) mã hóa protein liên quan đến RAD51, tham gia vào việc tái tổ hợp tương đồng (HRR) cho DNA và đóng một vai trò quan trọng trong việc duy trì sự ổn định của nhiễm sắc thể và sửa chữa hư hỏng DNA [4]. Một số nghiên cứu đã chỉ ra rằngcác đa hình đơn nucleotide (SNP- Single Nucleotide Polymorphism) của XRCC3 có thể làm thay đổi thành phần của protein được mã hóa, do đó có thể ảnh hưởng tới chức năng sửa chữa DNA, từ đó liên quan đến sự tăng hoặc giảm nguy cơ ung thư trong đó có ung thư vú [7],[5]. Và như vậy, mối liên quan giữa SNP với nguy cơ sinh ung thư ở các cá thể khác nhau là không giống nhau. Các SNP của XRCC3 liên quan tới ung thư vú được nghiên cứu nhiều hơn cả là SNP C18067T (còn gọi là Thr241Met hay rs861539). Tuy nhiên với SNP rs1799796 tại vị trí intron 5 của gen XRCC3 chưa có nhiều nghiên cứu, và một số nghiên cứu trên các bệnh nhân ung thư vú ở chủng tộc khác nhau lại cho các kết quả khác nhau. Tại Việt Nam cũng chưa có một công trình nào được tiến hành. Từ thực tế trên chúng tôi thực hiện đề tài: “Nghiên cứu đa hình đơn nucleotid rs1799796 của gen XRCC3 trên bệnh nhân ung thư vú” với hai mục tiêu:
1.    Xác định sự phân bố đa hình đơn nucleotid rs1799796 của gen XRCC3 trên bệnh nhân ung thư vú và nhóm người bình thường ở Việt Nam.
2.    Đánh giá mối liên quan giữa đa hình đơn nucleotid rs1799796 của gen XRCC3 với nguy cơ mắc bệnh ung thư vú.

MỤC LỤC
ĐẶT VẤN ĐỀ    1
CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN    3
1.1 ĐẶC ĐIỂM BỆNH LÝ UNG THƯ VÚ    3
1.1.1 Dịch tễ học    3
1.1.2 Các yếu tố nguy cơ    4
1.1.3 Phân loại ung thư biểu mô tuyến vú    5
1.1.4 Các dấu ấn sinh học trong chẩn đoán và theo dõi điều trị UTV    6
1.1.5 Chẩn đoán ung thư vú……………………………………………………7
1.1.6 Điều trị UTV………………………………………………..…………10
1.2 Tổng quan về gen XRCC3 ở người    10
1.2.1 Vị trí và cấu trúc    10
1.2.2 Chức năng    11
1.2.3 Cơ chế sửa chữa hư hỏng DNA thông qua tái tổ hợp tương đồng…….11
1.2.4 Tính đa hình thái đơn nucleotide………………………………………15
1.3 Các kĩ thuật sinh học phân tử phát hiện đa hình đơn nucleotide    17
1.3.1 Kỹ thuật PCR    17
1.3.2 Kỹ thuật RFLP-PCR    19
1.3.3 Kỹ thuật giải trình tự gen    20
CHƯƠNG 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU    23
2.1. Đối tượng nghiên cứu    23
2.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu    23
2.3. Phương pháp nghiên cứu    23
2.4. Dụng cụ, trang thiết bị và hóa chất sử dụng    25
2.4.1. Dụng cụ    25
2.4.2. Trang thiết bị    25
2.4.3. Hóa chất    25
2.5. Quy trình kĩ thuật    27
2.5.1 Quy trình lấy mẫu    27
2.5.2 Quy trình tách chiết DNA và kiểm tra nồng độ, độ tinh sạch    27
2.5.3 Quy trình khuếch đại đoạn gen và điện di sản phẩm    30
2.5.4 Quy trình cắt enzym và điện di kiểm tra sản phẩm    31
2.5.5 Quy trình giải trình tự gen    33
2.6. Xử lý số liệu    34
2.7. Đạo đức nghiên cứu    34
CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU    36
3.1. Đặc điểm của nhóm nghiên cứu    36
3.1.1. Đặc điểm về tuổi trung bình    36
3.1.2 Đặc điểm về nhóm tuổi    36
3.1.3 Đặc điểm về tuổi sinh con lần đầu    38
3.1.4 Đặc điểm về tình trạng kinh nguyệt    39
3.2. Tính tỉ lệ kiểu alen và kiểu gen của SNP rs1799796 trong nhóm nghiên cứu    40
3.2.1 Kết quả tách chiết DNA    40
3.2.2 Kết quả điện di sản phẩm PCR    42
3.2.3 Kết quả về kiểu alen và kiểu gen của SNP rs1799796    42
3.3 Mối liên quan của SNP rs1799796 và một số yếu tố nguy cơ    46
3.3.1 SNP rs1799796 và trung vị tuổi phát hiện bệnh    46
3.3.2. SNP rs1799796 và tình trạng kinh nguyệt    47
3.3.3. SNP rs1799796 và tuổi có kinh lần đầu    48
3.3.4. SNP rs1799796 và tuổi có con lần đầu    49
3.4 Mối liên quan của SNP rs1799796 và một số đặc điểm của bệnh    49
3.4.1 SNP rs1799796 và giai đoạn phát hiện bệnh    49
3.4.2 SNP rs1799796và vị trí khối u ung thư vú    51
3.4.3 SNP rs1799796 và tình trạng thụ thể HER2, ER, PR    52
CHƯƠNG 4 BÀN LUẬN    56
4.1 Đặc điểm của nhóm nghiên cứu    56
4.1.1 Đặc điểm về tuổi trung bình    56
4.1.2 Đặc điểm về nhóm tuổi    56
4.1.3 Đặc điểm về tình trạng kinh nguyệt    57
4.2 Tỷ lệ các alen và kiểu gen của SNP rs1799796    57
4.2.1 Kết quả tách chiết DNA    57
4.2.2 Kết quả điện di sản phẩm PCR    58
4.2.3 Kết quả về kiểu alen và kiểu gen của SNP rs1799796    59
4.3 Mối liên quan của SNP rs1799796 và một số yếu tố nguy cơ    63
4.3.1 SNP rs1799796và trung vị tuổi phát hiện bệnh    63
4.3.2 SNP rs1799796 và tình trạng kinh nguyệt    63
4.3.3 SNP rs1799796 và tuổi có kinh lần đầu    63
4.3.4 SNP rs1799796 và tuổi có con lần đầu     64
4.4 Mối liên quan của SNP rs1799796 và một số đặc điểm của bệnh    64
4.4.1 SNP rs1799796 và giai đoạn phát hiện bệnh    64
4.4.2 SNP rs1799796 và vị trí khối u    65
4.4.3. SNP rs1799796 và tình trạng thụ thể HER2, ER, PR    65
KẾT LUẬN    67
KIẾN NGHỊ    68
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC

DANH MỤC HÌNH VẼ
Hình 1.1. Phân bố tỷ lệ mắc UTV trên thế giới      3
Hình 1.2. Vị trí gen XRCC3 trên NST số 14         11
Hình 1.3. Cơ chế sửa chữa đứt gãy sợi đôi DNA         12
Hình 1.4. Minh họa cấu trúc Holliday junction        14
Hình 1.5. Minh họa hiện tượng đa hình đơn nucleotide (SNPs)    15
Hình 1.6.Vị trí và trình tự của SNP rs1799796 trên GeneBank    16
Hình 1.7. Minh họa các chu kỳ nhiệt trong phản ứng PCR    18
Hình 1.8. Quy trình thực hiện RFLP-PCR         20
Hình 1.9. Nguyên lý giải trình tự gen bằng phương pháp enzym    21
Hình 1.10. Giải trình tự gen bằng máy tự động        22
Hình 3.1. Hình ảnh đo nồng độ và độ tinh sạch của mẫu DNA trên phần mềm NanoDrop 2000    40
Hình 3.2.Hình ảnh điện di sản phẩm PCR đoạn gen XRCC3 chứa SNP rs1799796 ở bệnh nhân ung thư vú    42
Hình 3.3.Hình ảnh điện di sản phẩm cắt đoạn gen XRCC3 bằng enzym PvuII mẫu bệnh nhân ung thư vú    43
Hình 3.4. Kết quả giải trình tự sản phẩm PCR đoạn gen XRCC3 chứa SNP rs1799796 của các bệnh nhân mang kiểu gen AA, AG, GG    43

 
DANH MỤC CÁC BẢNG
Bảng 1.1. Một số đa hình của gen XRCC3 có liên quan đến UTV    16
Bảng 2.1. Đặc điểm mồi cho phản ứng PCR    26
Bảng 2.2. Thành phần phản ứng PCR    30
Bảng 2.3. Chu trình nhiệt phản ứng PCR    30
Bảng 2.4. Thành phần phản ứng RFLP-PCR     32
Bảng 2.5. Thành phần phản ứng giải trình tự gen    33
Bảng 2.6. Chu trình nhiệt phản ứng giải trình tự     33
Bảng 3.1.Đặc điểm về tuổi trung bình của nhóm bệnh và nhóm chứng    35
Bảng 3.2.Đặc điểm về nhóm tuổi của nhóm bệnh và nhóm chứng     35
Bảng 3.3.Đặc điểm về tuổi sinh con lần đầu của nhóm bệnh và nhóm chứng    37
Bảng 3.4.Đặc điểm về tình trạng kinh nguyệt của nhóm bệnh và nhóm chứng    38
Bảng 3.5.Nồng độ và độ tinh sạch của một số mẫu DNA đã tách chiết của nhóm bệnh và nhóm chứng    40
Bảng 3.6.Tỷ lệ các alen của SNP rs1799796 trong nhóm bệnh và nhóm chứng     43
Bảng 3.7.Tỷ lệ các kiểu gen của SNP rs1799796 trong nhóm bệnh và nhóm chứng    44
Bảng 3.8.Nguy cơ mắc bệnh của các cặp kiểu gen SNP rs1799796 ở nhóm nghiên cứu    44
Bảng 3.9.Mối liên quan giữa các cặp kiểu gen SNP rs1799796 và trung vị tuổi của nhóm bệnh nhân ung thư vú    45
Bảng 3.10.Mối liên quan giữa các cặp kiểu gen của SNP rs1799796 và tình trạng kinh nguyệt    .46
Bảng 3.11. Mối liên quan giữa SNP rs1799796 và tuổi có kinh lần đầu    47
Bảng 3.12. Mối liên quan giữa SNP rs1799796 và tuổi có con lần đầu    48
 

Leave a Comment