NGHIÊN CỨU MÔ HÌNH 2D-QSAR TRÊN CÁC CHẤT ỨC CHẾ BƠM NOR-A CỦA STAPHYLOCOCCUS AUREUS
NGHIÊN CỨU MÔ HÌNH 2D-QSAR TRÊN CÁC CHẤT ỨC CHẾ BƠM NOR-A CỦA STAPHYLOCOCCUS AUREUS
Thái Khắc Minh*, Phan Thiện Vy*, Ngô Triều Dủ*, Huỳnh Nghĩa Tín*
TÓM TẮT :
Mở đầu : Đề kháng kháng sinh đang là vấn đề nghiêm trọng đối với sức khỏe cộng đồng hiện nay. Một trong những cơ chế đề kháng kháng sinh quan trọng là vi khuẩn tạo ra bơm đề kháng đẩy kháng sinh ra ngoài và đây là nguyên nhân của đề kháng đa kháng sinh. Cơ chế đã được khám phá ở Staphylococcus aureus (SA) đề kháng quinolon và berberin thông qua bơm NorA. Hiện tại, nhiều nhóm cấu trúc đã được nghiên cứu và chứng minh khả năng ức chế bơm NorA của SA.
Mục tiêu : Nghiên cứu này nhằm mục đích xây dựng các mô hình QSAR từ cơ sở dữ liệu thu thập được và áp dụng trong sàng lọc trên ngân hàng dữ liệu, định hướng thiết kế để tìm ra những chất có khả năng ức chế NorA góp phần đẩy lùi sự đề kháng kháng sinh.
Đối tượng và phương pháp nghiên cứu : Mô hình 2D-QSAR được xây dựng dựa trên thuật toán bình phương tối thiểu từng phần PLS MOE) trên cơ sở dữ liệu gồm 47 chất có giá trị IC50. Mô hình 2D-QSAR sau khi xây dựng được ứng dụng để dự đoán giá trị IC50 của 182 dẫn chất flavonoid.
Kết quả và bàn luận : Theo hướng thiết kế thuốc dựa vào ligand, nghiên cứu xây dựng được 3 mô hình 2D-QSAR trên 3 thông số mô tả có tên rings, SlogP và logS. Các giá trị đánh giá mô hình cho thấy cả 3 mô hình đều có khả năng dự đoán đúng và sai số giữa giá trị dự đoán và giá trị thực nghiệm <0,5. Kết quả ứng dụng mô hình 2D-QSAR trên 182 dẫn chất flavonoid cho thấy các chất được dự đoán có tác dụng tốt trên bơm Nor-A đều thuộc 2 nhóm cấu trúc 2-hydroxychalcon và flavon.
Kết luận: Mô hình QSAR I có khả năng dự đoán tốt nhất trong các mô hình xây dựng được. Các flavonoid có giá trị hoạt tính dự đoán cao đều thuộc 2 nhóm cấu trúc chính là 2-hydroxychalcon và 3-benzoyl-7-hydroxy flavon.
Hy vọng sẽ giúp ích cho các bạn, cũng như mở ra con đường nghiên cứu, tiếp cận được luồng thông tin hữu ích và chính xác nhất