Xác định đột biến gen GLA, GAA và đặc điểm di truyền của bệnh Fabry và Pompe
Luận án tiến sĩ y học Xác định đột biến gen GLA, GAA và đặc điểm di truyền của bệnh Fabry và Pompe.Fabry và Pompe là hai bệnh di truyền hiếm gặp thuộc nhóm bệnh liên quan tới rối loạn dự trữ các chất trong tiêu thể (lysosomal storage diseases- LSDs). Đây là một nhóm gồm trên 50 bệnh di truyền hiếm gặp do rối loạn chuyển hóa là hậu quả của sự suy giả m chức năng của tiêu thể.
LSDs thường là hậu quả của sự thiếu hụt của một enzyme duy nhất cần thiết cho chuyển hóa lipid, glycoprotein hoặc mucopolysaccharides.
Fabry là bệnh di truyền gen lặn trên nhiễm sắc thể giới tính X còn Pompe là bệnh di truyền gen lặn trên nhiễm sắc thể thường. Nguyên nhân của bệnh đã được xác định là do đột biến gen GLA, GAA dẫn đến sự thiếu hụt tương ứng acid alpha-galactosidase và acid alpha-glucosidase, là những enzyme tiêu hóa của tiêu thể.1,2Sự thiếu hụt enzyme này dẫn đến sự tích tụ của glycerophospholipid và glycogen có cấu trúc bình thường trong tiêu thể và tế bào chất. Sự tích tụ quá mức các chất này trong tiêu thể sẽ làm gián đoạn hoạt động bình thường của các cơ quan khác trong tế bào và dẫn đến tổn thương tế bào.3,4Rất nhiều đột biến gen GLA, GAA đã được ghi nhận là đột biến gây bệnh, các đột biến mới vẫn tiếp tục được nghiên cứu và báo cáo.
Mặc dù tỉ lệ mắc bệnh là không cao khoảng 1 trường hợp cho 40.000 – 50.000 dân5nhưng hầu hết bệnh gây tử vong sớm vì suy hô hấp và suy tim. Tỷ lệ này trên nhóm nguy cơ cao, người bệnh có gan to, lách to chưa rõ nguyên nhân, cao hơn rất nhiều, là khoảng 1/400. Tuy nhiên nếu được phát hiện sớm thì nguy cơ tử vong có thể được giảm đáng kể bởi liệu pháp thay thế enzyme (ERT) và các điều trị hỗ trợ khác. Gần đây, các nhà khoa học đã phát hiện một tỷ lệ đáng kể người bệnh Fabry với những triệu chứng không điển hình, khởi phát muộn (sau 40 tuổi), được coi là các biến thể của Fabry: thể tim và thể thận.
Fabry và Pompe đều là các bệnh di truyền, do đó việc sàng lọc và phát hiện sớm các thành viên gia đình của bệnh nhân mang đột biến gen GLA, GAA là rất cần thiết để đưa ra tư vấn di truyền phù hợp, hạn chế sinh ra những đứa trẻ bị bệnh. Tại Việt Nam, có rất ít các nghiên cứu về đột biến gen GLA, GAA ở các bệnh nhân Fabry và Pompe, cũng như xác định đột biến ở các thành viên gia đình. Với những lý do trên đề tài “Xác định đột biến gen GLA, GAA và đặc điểm di truyền của bệnh Fabry và Pompe‘’”được tiến hành với ba mục tiêu sau:
1. Xác định đột biến gen GLA, GAA trên người bệnh Fabry và Pompe.
2. Phát hiện người lành mang gen bệnh trên các thành viên gia đình người bệnh.
3. Mô tả biểu hiện lâm sàng và cận lâm sàng của người bệnh mắc bệnh Pompe và Fabry.
MỤC LỤC
ĐẶT VAN Đề 1
CHƯƠNG 1. Tổ NG QUAN TA I LIềU 3
1.1. Rố i loạn dự trữ trong tiêu thể 3
1.1.1. Đại cương 3
1.1.2. Chẩn đoán LSDs 4
1.1.3. Điều trị LSDs 5
1.1.4. Các phương pháp sàng lọc bệnh LSDs 6
1.2. Bệnh Fabry 7
1.2.1. Biểu hiện lâm sàng của Fabry 8
1.2.2. Di truyền học phân tử của Fabry 11
1.2.3. Liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình 18
1.2.4. Chẩn đoán và sàng lọc Fabry 21
1.3. Bệnh Pompe 26
1.3.1. Biểu hiện lâm sàng của Pompe 28
1.3.2. Di truyền học phân tử của Pompe 28
1.3.3. Mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình 31
1.3.4. Chẩn đoán và sàng lọc Pompe 32
1.4. Các phương pháp sinh học phân tử trong xác định đột biến gen GLA,
GAA 34
1.4.1. Phản ứng chuỗi polymerase (PCR) 35
1.4.2. Giải trình tự gen trực tiếp 36
1.4.3. Giải trình tự gen thế hệ mới NGS 37
1.4.4. Dự đoán khả năng gây bệnh của các đột biến mới bằng các phần
mềm tin sinh học 37
CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIềN CứU 40
2.1. Đối tượng nghiên cứu 40
2.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu 41
2.3. Phương pháp nghiên cứu 42
2.3.1. Thiết kế nghiên cứu 42
2.3.2. Cỡ mẫu nghiên cứu 42
2.3.3. Phương pháp thu thập mẫu 42
2.3.4. Các biến số nghiên cứu 44
2.3.5. Sơ đồ nghiên cứu 45
2.3.6. Phương tiện nghiên cứu 46
2.3.7. Quy trình kỹ thuật đo hoạt độ enzyme 50
2.3.8. Quy trình giải trình tự trực tiếp tìm đột biến gen GLA và GAA … 52
2.4. Thu thập và xử lý số liệu 58
2.4.1. Công cụ thu thập số liệu 58
2.4.2. Quy trình thu thập số liệu 58
2.4.3. Xử lý số liệu 58
2.4.4. Khống chế sai số 59
2.5. Đạo đức trong nghiên cứu 59
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 60
3.1. Đặc điểm chung của các đối tượng tham gia nghiên cứu 60
3.1.1. Bệnh Fabry 60
3.1.2. Bệnh Pompe 61
3.2. Kết quả đo hoạt độ enzyme 62
3.2.1. Hoạt độ enzyme GLA của các người bệnh nghi ngờ Fabry 62
3.2.2. Kết quả hoạt độ enzyme GAA của các người bệnh nghi ngờ Pompe… 63
3.3. Kết quả phân tích gen tìm đột biến 64
3.3.1. Kết quả phân tích gen GLA 64
3.3.2. Kết quả giải trình tự gen các người bệnh nghi ngờ Pompe 71
3.4. Phát hiện người lành mang gen trên các thành viên gia đình người bệnh…. 79
3.4.1. Phát hiện người lành mang gen trên các thành viên gia đình
người bệnh Fabry 79
3.4.2. Phát hiện người lành mang gen trên thành viên gia đình người
bệnh Pompe 83
3.5. Đặc điểm lâm sàng của người bệnh Fabry và Pompe 93
3.5.1. Đặc điểm lâm sàng của người bệnh Fabry 93
3.5.2. Đặc điểm lâm sàng của người bệnh Pompe 93
CHƯƠNG 4. BÀN LUẬN 96
4.1. Đặc điểm chung của các đối tượng nghiên cứu 96
4.1.1. Đặc điểm chung về tuổi và giới của bệnh Fabry 96
4.1.2. Đặc điểm chung về tuổi và giới của bệnh Pompe 98
4.2. Biến đổi hoạt độ enzyme GLA, GAA của các người bệnh tham gia
nghiên cứu 98
4.2.1. Hoạt độ enzyme GLA 98
4.2.2. Hoạt độ enzyme GAA của các người bệnh nghi ngờ Pompe 100
4.3. Các đột biến gen GLA, GAA ở người bệnh Fabry và Pompe 100
4.3.1. Các đột biến gen GLA 100
4.3.2. Các đột biến gen GAA 103
4.4. Phát hiện người lành mang gen trên thành viên gia đình người bệnh
tham gia nghiên cứu 113
4.4.1. Phát hiện người lành mang gen trên thành viên gia đình người
bệnh Fabry 113
4.4.2. Phát hiện người lành mang gen trên các thành viên gia đình
người bệnh Pompe 114
4.5. Biểu hiện lâm sàng của người bệnh Fabry và Pompe 123
4.5.1. Biểu hiện lâm sàng của người bệnh Fabry 123
4.5.2. Đặc điểm lâm sàng của bệnh Pompe 124
KẾT LUẬN 127
KHUYẾN NGHỊ 128
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU
CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC
DANH MỤC BẢNG
Bảng 1.1: Phân bố các loại đột biến gen GLA 15
Bảng 1.2: Các SNP của gen GLA 17
Bảng 1.3. Phân bố các loại đột biến gen GAA 30
Bảng 2.1. Trình tự mồi của gen GLA sử dụng trong nghiên cứu 48
Bảng 2.2. Trình tự mồi để khuếch đại gen GAA 49
Bảng 2.3: Thành phần của phản ứng PCR khuếch đại các exon gen GLA … 53
Bảng 2.4: Chu trình nhiệt của phản ứng PCR khuếch đại gen GLA 54
Bảng 2.5. Thành phần phản ứng PCR cho giải trình tự gen GLA 55
Bảng 2.6. Chu trình nhiệt phản ứng PCR cho giải trình tự gen GLA 55
Bảng 2.7: Thành phần phản ứng PCR khuếch đại gen GAA 56
Bảng 2.8: Chu trình nhiệt khuếch đại gen GAA 56
Bảng 2.9: Thành phần phản ứng PCR giải trình tự gen GAA 57
Bảng 2.10: Chu trình nhiệt PCR giải trình tự gen GAA 57
Bảng 3.1: Phân bố theo giới của nhóm người bệnh tham gia nghiên cứu .. 61
Bảng 3.2: Phân bố theo tuổi khởi phát của các người bệnh Pompe trong
nghiên cứu 61
Bảng 3.3: Phân bố theo giới của các người bệnh Pompe trong nghiên cứu… 62
Bảng 3.4: Kết quả đo hoạt độ enzyme GLA 62
Bảng 3.5: Kết quả đo hoạt độ enzyme GAA 64
Bảng 3.6: Kết quả giải trình tự gen GLA của 27 mẫu có hoạt độ enzyme
thấp nhất 66
Bảng 3.7. Dự đoán khả năng gây bệnh của đột biến bằng các phầm mềm tin sinh học 69
Bảng 3.8: Kết quả hoạt độ enzyme theo loại đột biến 70
Bảng 3.9: Kết quả giả trình tự gen GAA của các đối tượng nghiên cứu …. 73
Bảng 3.10. Tần suất xuất hiện các đột biến trong nghiên cứu 76
Bảng 3.11. Kết quả dự đoán khả năng gây bệnh của đột biến c.625T>C
bằng các phần mền tin sinh học 77
Bảng 3.12: Kết quả đo hoạt độ enzyme GLA từ mẫu máu toàn phần 79
Bảng 3.13: Kết quả đo hoạt độ enzyme GLA từ giấy thấm DBS 80
Bảng 3.14: Kết quả đo hoạt độ enzyme và kết quả giải trình tự exon 1 của
gia đình người bệnh mã số VN.06 82
Bảng 3.15: Tỷ lệ các thành viên mang đột biến qua các thế hệ 92
Bảng 3.16: Triệu chứng lâm sàng khởi phát của các người bệnh 93
Bảng 3.17: Biến đổi chỉ số tim ngực và LVMI trên Xquang tim phổi và
siêu âm tim 94
Bảng 3.18: Kết quả hoạt độ enzyme CK, ALT của các người bệnh trong nghiên cứu 95
DANH MỤC HÌNH
Hình 1.1: Hình ảnh tế bào với tiêu thể bị tích đọng 4
Hình 1.2: Hình ảnh tổn thương da do Fabry 10
Hình 1.3: Cấu trúc alpha-galactosidase ở người 11
Hình 1.4: Phân bố các đột biến điểm gây bệnh Fabry trên các exon của
gen GLA (theo HGMD) 16
Hình 2.1: Các phản ứng enzyme trong đo khối phổ song song GLA 51
Hình 3.1: Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại gen GLA của mẫu
BN mã số FB64 65
Hình 3.2: Hình ảnh biến thể 5’UTR -12G>A 68
Hình 3.3: Kết quả đột biến c.178C>T, (p.Pro60Ser) của người bệnh mã
số FB64 68
Hình 3.4: Hình ảnh minh họa sử dụng công cụ PolyPhen-2 để dự đoán
khả năng gây bệnh của đột biến c.178C>T 69
Hình 3.5: Hình ảnh minh họa sử dụng công cụ MutationTaster để dự
đoán khả năng gây bệnh của đột biến c.178C>T 70
Hình 3.6: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR sau khi khuếch đại exon14
gen GAA 72
Hình 3.7: Hình ảnh đột biến gen của người bệnh mã số Pom11.0 75
Hình 3.8: Hình ảnh kết đột biến c.1411-1414delGAGA ở người bệnh
Pom20.4 và Pom20.7 75
Hình 3.9: Hình ảnh đột biến chỗ nối trên intron 14 của người bệnh mã
số Pom12.0 76
Hình 3.10: Hình ảnh minh họa kết quả dự đoán khả năng gây bệnh của đột biến c.625T>C bằng phần mềm PolyPhen2 78
Hình 3.11: Hình ảnh minh họa kết quả dự đoán khả năng gây bệnh của đột biến c.625T>C bằng phần mềm MutationTaster 78
Hình 3.12: Phả hệ của gia đình mã số VN.06 81
Hình 3.13: Phả hệ gia đình mã số Pom16 83
Hình 3.14: Phả hệ gia đình mã số Pom17 85
Hình 3.15: Phả hệ gia đình mã số Pom18 86
Hình 3.16: Phả hệ gia đình mã số Pom19 87
Hình 3.17: Phả hệ gia đình mã số Pom20 88
Hình 3.18: Phả hệ gia đình mã số Pom21 89
Hình 3.19. Phả hệ gia đình mã số Pom22 90
Hình 3.20: Phả hệ gia đình mã số VN.0055 91
Nguồn: https://luanvanyhoc.com