XÁC ĐỊNH GIÁ TRỊ SỬ DỤNG CỦA PHƯƠNG PHÁP GỘP DUNG DỊCH TRONG CHẨN ĐOÁN SARS-COV-2 BẰNG KỸ THUẬT RT-qPCR

XÁC ĐỊNH GIÁ TRỊ SỬ DỤNG CỦA PHƯƠNG PHÁP GỘP DUNG DỊCH TRONG CHẨN ĐOÁN SARS-COV-2 BẰNG KỸ THUẬT RT-qPCR
Phan Nguyễn Thanh Vân1, Nguyễn Hữu Ngọc Tuấn1,2, Nguyễn Hưng Thịnh1,2, Nguyễn Ước Nguyện1,2
1 Trung Tâm Nghiên Cứu Y Sinh, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch
2 Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Giới thiệu: Hướng dẫn tạm thời việc gộp mẫu xét nghiệm SARS-CoV-2 của Bộ Y tế ủng hộ hai phương pháp gộp mẫu là gộp que phết và gộp dịch. Phương pháp gộp dịch thể hiện một số ưu điểm trội hơn phương pháp gộp que như không cần tái lấy mẫu để giải gộp; hạn chế nguy cơ lây nhiễm chéo và kết quả xét nghiệm không đồng nhất. Tuy có nhiều ý nghĩa, phương pháp gộp dịch cần được xác định giá trị sử dụng trước khi triển khai một cách thận trọng. Nghiên cứu này được thực hiện xác định mức độ ảnh hưởng của việc pha loãng đến tính chính xác của xét nghiệm và số lượng mẫu gộp tối ưu. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu thực nghiệm, kiểu thu thập dữ liệu tiến cứu trên Bộ sinh phẩm PureLink™ Viral RNA/DNA Mini Kit (Invitrogen, Hoa Kỳ), bộ sinh phẩm TaqPath™ COVID‑19 CE‑IVD RT‑PCR Kit (ThermoFisher, Hoa Kỳ) và mẫu phết tỵ hầu SARS-CoV-2 trong dung dịch VTM. Kết quả: Kết quả RT-qPCR ở nhóm mẫu có tải lượng vi-rút cao và trung bình (Ct <30) ở gộp mẫu 5 và 10 có độ tương đồng chẩn đoán dương với mẫu đơn là 100%, trong khi đó ở mẫu có tải lượng vi-rút thấp (Ct >30) thì gộp mẫu 5 là 100% còn gộp mẫu 10 giảm còn 80%. Độ chênh lệch Ct trung bình cả ba gen ở bộ gộp mẫu 5 là 2.05 (95% CI, 1.93 – 2.16), còn gộp mẫu 10 là 2.87 (95% CI, 2.63 – 3.11). Trong thí nghiệm giả lập việc gộp ngẫu nhiên, độ tương đồng chẩn đoán dương SARS-CoV-2 ở cả hai phương thức gộp 5 và gộp 10 là 100% khi so với mẫu đơn. Kết luận: Phương pháp gộp mẫu dịch có độ tin cậy cao trong chẩn đoán SARS-CoV-2. Việc áp dụng rộng rãi phương pháp này hứa hẹn đem lại nhiều lợi ích vì hiệu quả cao trong công tác sàng lọc và chẩn đoán SARS-CoV-2 bằng phương pháp RT-qPCR.

Việc tổ chức thực hiện xét nghiệm SARS-CoV-2 bằng kỹ thuật RT-qPCR đã ghi nhận nhiều khó khăn bao gồm: (i) Tốc độ xét nghiệm chưa đủ nhanh; (ii) Chi phí xét nghiệm cao; (iii) Sự thiếu hụt nguồn cung hóa chất xét nghiệm. Gộp mẫu là  giải  pháp  thường  dùng  khi  thực  hiện  xét nghiệm quy mô lớn vì tốc độ khảo sát cao, giảm giá thành xét nghiệm, và được chứng minh tiết kiệm  nguồn  lực  đến  gần  80% [8].  Hướng  dẫn tạm thời việc gộp mẫu xét nghiệm SARS-CoV-2 của Bộ Y tế, với hai phương pháp gộp mẫu là gộp que phết và gộp dịch [2]. Trong đó, phương pháp gộp mẫu que thể hiện nhiều khuyết điểm: (i) trong trường hợp mẫu gộp dương tính, người tham gia xét nghiệm phải được lấy mẫu lần hai để giải gộp làm tăng thời gian trả, sự phiền toái cho người bị lấy mẫu và nguy cơ sai lệch kết quả [6]; (ii) yêu cầu tập trung để cùng lấy mẫu tăng nguy cơ lây nhiễm chéo; (iii) mẫu gộp và mẫu đơn giải gộp được lấy tại hai thời điểm nên kết quả  không  đồng  nhất  do  sự  biến  đổi  của  tải lượng vi-rút trong mẫu bệnh phẩm.Phương pháp gộp dịch có một số ưu điểm trội hơn phương pháp gộp que giúp  hạn chế được các khiếm khuyết nêu trên, đặc biệt, tạo thuận lợi cho việc giải gộp ngay không cần tái lấy mẫu [6]. Tuy nhiên, phương pháp gộp dịch cần được xác định giá trị sử dụng trước khi triển khai, đặc biệt, bản chất của việc gộp là pha loãng mẫu thử trước khi xét nghiệm nên mức độ ảnh hưởng đến tính chính xác của xét nghiệm cần được khảo sát cũng như số lượng mẫu gộp tối ưu để đạt hiệu quả kinh tế cao nhất 

Chi tiết bài viết
Từ khóa
Đại dịch Covid 19, SARS-CoV-2, kỹ thuật RT-qPCR, phương pháp gộp mẫu, gộp mẫu dung dịch

Tài liệu tham khảo
1. Nguyễn Minh Hà (2022), “Xác nhận giá trị chẩn đoán lâm sàng của bộ sinh phẩm xét nghiệm nhanh kháng nguyên virus SARS-CoV-2 tại bệnh viện Nguyễn Tri Phương”, Tạp Chí Y học Việt Nam tháng 2 số 2. 
2. Bộ Y Tế (2021), “Quyết Định Ban hành hướng dẫn tạm thời việc gộp mẫu xét nghiệm SARS-CoV-2, Số 1817/QĐ-BYT”. 
3. Bộ Y tế (2022), “Thông tư Quy định giá dịch vụ xét nghiệm SARS-CoV-2 Số 02/2022/TT-BYT”.