Xác định kiểu cách cư trú và gen độc lực của Staphylococcus aureus ở nhóm người làm việc tại một số cơ sở dịch vụ ăn uống

Luận án Xác định kiểu cách cư trú và gen độc lực của Staphylococcus aureus ở nhóm người làm việc tại một số cơ sở dịch vụ ăn uống.Staphylococcus aureus là một trong những vi khuẩn hay gặp nhất trên cơ thể người, nó cũng là căn nguyên của nhiều loại nhiễm trùng khác nhau. S. aureus có thể gây nhiễm trùng ngoài da, ngộ độc thực phẩm, viêm tủy xương, nhiễm khuẩn huyết…Tùy vào mức độ và loại nhiễm trùng mà biểu hiện trên lâm sàng khác nhau. 

S. aureus là thành viên của hệ vi khuẩn ở người. Khoảng 30% người khoẻ mạnh mang S. aureus. S. aureus được phát hiện thấy ở nhiều vùng của cơ thể như da ở vùng cổ, ngực, bụng, bàn tay…và một số hốc tự nhiên trên cơ thể. Vị trí cư trú hay gặp nhất của S. aureus là lỗ mũi trước. S. aureus có thể cư trú thường xuyên, không thường xuyên và không cư trú trên cơ thể người. Khi có tổn thương da, niêm mạc, sức đề kháng của cơ thể suy giảm thì các nhiễm trùng do S. aureus dễ dàng xuất hiện. Sự có mặt và số lượng S. aureus ở trên cơ thể phụ thuộc vào tình trạng vệ sinh, miễn dịch, và nhiều yếu tố khác của cơ thể vật chủ cũng như của vi khuẩn [6].

 Phần lớn các chủng S. aureus đều có một hoặc một số gen độc lực liên quan đến những tình trạng nhiễm trùng và bệnh lý khác nhau. Một số gen chịu trách nhiệm sản xuất các độc tố ruột (Staphylococcal enterotoxins-SE), gen liên quan đến hội chứng sốc nhiễm độc (Toxic shock syndrome toxin 1-tsst1), gen mã hóa coagulase gây đông huyết tương … Ngoài ra, nhiều gen khác chịu trách nhiệm việc S. aureus kháng lại nhiều kháng sinh và một số kiểu gen của S. aureus cũng liên quan đến những bệnh cảnh lâm sàng đặc thù do vi khuẩn này gây ra [57]. Trên thế giới, ngày càng có nhiều nghiên cứu dịch tễ học phân tử của S. aureus và mối liên quan giữa các yếu tố độc lực, các kiểu gen cũng như vai trò của các yếu tố này với tình trạng nhiễm trùng và kháng kháng sinh của của S. aureus [9].

S. aureus là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây ngộ độc thực phẩm trên toàn thế giới và cho đến nay vẫn còn là vấn đề nan giải. Ngộ độc thực phẩm do S. aureus chiếm khoảng 25% số vụ và 10% số bệnh nhân ngộ độc phải nhập viện điều trị, có trường hợp nặng nguy hiểm đến tính mạng. Ở Việt Nam, S. aureus là nguyên nhân chính gây ô nhiễm thực phẩm. Do khí hậu nóng ẩm, thiếu các điều kiện bảo quản phù hợp, sự có mặt của S. aureus với số lượng lớn trong thực phẩm là nguy cơ tiềm ẩn bùng phát các vụ ngộ độc tập thể gây tổn thất nặng về kinh tế. Những người làm việc chế biến thực phẩm, bán hàng ăn, tiếp xúc trực tiếp với thức ăn luôn là nguồn gây ô nhiễm S. aureus trong quá trình chế biến, sản xuất, đóng gói, vận chuyển và bảo quản thực phẩm [15]. Ở nước ta đã có nhiều nghiên cứu về vai trò gây bệnh và tính kháng thuốc của S. aureus nhưng chưa có nghiên cứu về kiểu cách cư trú và rất ít nghiên cứu về gen độc lực của vi khuẩn này. 

Vì vậy chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài ‘‘Xác định kiểu cách cư trú và gen độc lực của Staphylococcus aureus ở nhóm người làm việc tại một số cơ sở dịch vụ ăn uống” với hai mục tiêu sau:

1.Xác định tỷ lệ mang, kiểu cách cư trú của S. aureus ở mũi và tay của nhóm người làm việc tại một số cơ sở dịch vụ ăn uống tại Hà Nội.

2.Xác định sự phân bố, tính đa hình của gen mã hóa coagulase và gen mã hóa độc tố ruột của các chủng S. aureus phân lập được.

 MỤC LỤC

Lời cam đoan

Mục lục

Chữ viết tắt

Danh mục bảng

Danh mục biểu đồ

Danh mục hình

ĐẶT VẤN ĐỀ1

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN3

1.1. VI HỆ Ở NGƯỜI BÌNH THƯỜNG3

1.1.1. Khái niệm về vi hệ3

1.1.2. Các vi hệ ở người3

1.1.3. Vai trò của vi hệ với sức khỏe4

1.2. ĐẶC ĐIỂM CỦA S. AUREUS5

1.2.1. Lịch sử phát hiện và phân loại5

1.2.2. Tính chất sinh học của S. aureus6

1.2.3. Đặc điểm di truyền của S. aureus7

1.3. TỶ LỆ MANG VÀ KIỂU CÁCH CƯ TRÚ CỦA S. AUREUS7

1.3.1. Tỷ lệ mang7

1.3.2. Đặc điểm và kiểu cách cư trú8

1.4. CÁC YẾU TỐ ĐỘC LỰC CỦA S. AUREUS11

1.4.1. Các yếu tố độc lực là thành phần cấu trúc tế bào11

1.4.2. Các yếu tố độc lực là sản phẩm ngoại tiết12

1.4.3. Các yếu tố độc lực khác15

1.5. CÁC GEN ĐỘC LỰC CỦA S. AUREUS16

1.5.1. Gen mã hoá coagulase của S. aureus17

1.5.2. Các gen mã hoá cho độc tố ruột của S. aureus19

1.6. CÁC BỆNH DO S. AUREUS GÂY RA21

1.6.1. Nhiễm khuẩn ngoài da và các mô mềm21

1.6.2. Hội chứng da phồng rộp21

1.6.3. Viêm tủy xương21

1.6.4. Viêm khớp22

1.6.5. Viêm nội tâm mạc22

1.6.6. Nhiễm khuẩn huyết22

1.6.7. Viêm phổi22

1.6.8. Ngộ độc thực phẩm và viêm ruột cấp23

1.6.9. Hội chứng sốc nhiễm độc24

1.6.10. Nhiễm trùng bệnh viện do S. aureus24

1.7. CÁC KỸ THUẬT XÁC ĐỊNH S. AUREUS TRONG PHÒNG XÉT 

       NGHIỆM24

1.7.1 Các kỹ thuật thông thường xác định S. aureus24

1.7.2. Các kỹ thuật sinh học phân tử26

1.8. CÁC NGHIÊN CỨU VỀ KIỂU CÁCH CƯ TRÚ VÀ GEN ĐỘC LỰC

       CỦA S. AUREUS32

1.8.1. Các nghiên cứu trên thế giới32

1.8.2. Các nghiên cứu ở Việt Nam35

CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU38

2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU38

2.1.1. Đối tượng nghiên cứu tỷ lệ mang và kiểu cách cư trú 

          của S. aureus38

2.1.2. Đối tượng nghiên cứu sự phân bố gen độc lực của S. aureus38

2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU38

2.2.1. Thiết kế nghiên cứu38

2.2.2. Cỡ mẫu và cách chọn mẫu38

2.2.3. Phương pháp thu thập số liệu40

2.3. VẬT LIỆU40

2.3.1. Thiết bị40

2.3.2. Hóa chất41

2.4. CÁC KỸ THUẬT NGHIÊN CỨU42

2.4.1. Lấy mẫu42

2.4.2. Phân lập, xác định S. aureus43

2.4.3. Lưu giữ các chủng46

2.4.4. Quy trình PCR xác định gen độc lực46

2.4.5. Kỹ thuật sequencing xác nhận kết quả của phản ứng PCR53

2.5. CÁCH KHỐNG CHẾ SAI SỐ55

2.6. TIÊU CHUẨN ĐÁNH GIÁ KIỂU CÁCH MANG S. AUREUS56

2.7. THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU56

2.8. PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH VÀ XỬ LÝ SỐ LIỆU56

2.9. ĐẠO ĐỨC NGHIÊN CỨU57

CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU58

3.1. TỶ LỆ MANG, KIỂU CÁCH CƯ TRÚ CỦA S. AUREUS58

3.1.1. Một số đặc điểm của đối tượng nghiên cứu58

3.1.2. Tỷ lệ mang S. aureus và một số yếu tố liên quan60

3.1.3. Tỷ lệ mang, kiểu cách cư trú S. aureus ở mũi và một số 

          yếu tố liên quan66

3.1.4. Tỷ lệ mang S. aureus  ở tay và một số yếu tố liên quan.69

3.1.5. Tỷ lệ mang S. aureus ở mũi và tay72

3.1.6. Tỷ lệ mang S. aureus ở mũi hoặc tay73

3.2. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CÁC GEN ĐỘC LỰC CỦA S. AUREUS.74

3.2.1. Kết quả nghiên cứu gen mã hóa coagulase của S. aureus75

3.2.2. Kết quả nghiên cứu gen mã hóa độc tố ruột của S. aureus79

CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN85

4.1. TỶ LỆ MANG VÀ KIỂU CÁCH CƯ TRÚ CỦA S. AUREUS85

4.1.1. Một số đặc điểm của đối tượng nghiên cứu85

4.1.2. Tỷ lệ mang S. aureus chung và một số yếu tố liên quan86

4.1.3. Tỷ lệ mang, kiểu cách cư trú S. aureus ở mũi và một số yếu tố 

          liên quan90

4.1.4. Tỷ lệ mang S. aureus ở tay và một số yếu tố liên quan96

4.1.5. Tỷ lệ mang S. aureus ở cả mũi và cả tay100

4.1.6. Tỷ lệ mang S. aureus ở mũi hoặc tay101

4.2. CÁC GEN ĐỘC LỰC CỦA S. AUREUS102

4.2.1. Gen mã hóa coagulase103

4.2.2. Gen mã hóa độc tố ruột của S. aureus107

KẾT LUẬN115

NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN116

ĐỀ XUẤT……………..117

CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA NGHIÊN CỨU SINH

ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN

TÀI LIỆU THAM KHẢO

PHỤ LỤC

CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA NGHIÊN CỨU SINH

ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN

1. Lê Khánh Trâm, Đinh Hữu Dung, Nguyễn Vũ Trung (2011), Tỷ lệ mang và đặc điểm cư trú của Staphylococcus aureus, Tạp chí Nghiên cứu Y học, 77(6), tr. 29-33.

2. Lê Khánh Trâm, Đinh Hữu Dung, Phạm Thị Thùy Dương, Nguyễn Vũ Trung (2012), Phân bố các gen mã hóa coagulase ở các genotype của Staphylococcus aureus, Tạp chí Nghiên cứu Y học, 78(1), tr. 1-5. 

3. Lê Khánh Trâm, Đinh Hữu Dung, Nguyễn Vũ Trung (2012), Xác định gen độc tố ruột của Staphylococcus aureus, Tạp chí Nghiên cứu Y học, 80(3), tr. 11-16.

4. Lê Khánh Trâm, Phạm Thị Thùy Dương, Đinh Hữu Dung, Nguyễn Vũ Trung (2010), Xác định tỷ lệ mang và phân loại Staphylococcus aureus dựa vào gen mã hóa coagulase ở nhân viên một số cơ sở dịch vụ ăn uống tại Hà Nội, Hội nghị khoa học NCS lần thứ 16 – Trường Đại học Y Hà Nội. Đạt giải ba. 

5. Lê Khánh Trâm, Nguyễn Vũ Trung, Đinh Hữu Dung (2011), Xác định gen độc tố ruột của Staphylococcus aureus, Hội nghị khoa học NCS lần thứ 17 – Trường Đại học Y Hà Nội. Đạt giải ba. 

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Tiếng Việt

1Bộ Y tế (2012), Thông tư quy định về điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống, kinh doanh thức ăn đường phố, số 30/2012/TT-BYT.

2Bộ Y tế (2006), Quy chế cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm có nguy cơ cao, số 11/2006/QĐ-BYT.

3Bộ Y tế (2005), Quy định điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm đối với cơ sở kinh doanh, dịch vụ, phục vụ ăn uống, số 41/2005/QĐ-BYT.

4Phạm Văn Ca, Cao Văn Viên (2005), Tình hình kháng kháng sinh của Staphylococcus aureus tại Viện Y học lâm sàng các bệnh nhiệt đới năm 2002-2003, Tạp chí Y học dự phòng, tập XV, 1(73), tr. 51-54.

5Lê Huy Chính (2009), Tụ cầu, Vi khuẩn Y học (Lê Văn Phủng chủ biên), Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam, tr. 45-62.

6Vũ Bảo Châu, Nguyễn Văn Dịp (2000), Tình trạng mang tụ cầu vàng ở bệnh nhân ngoại khoa và mối liên quan giữa nhiễm khuẩn vết mổ với việc cư trú của vi khuẩn này ở mũi, Tạp chí Y học thực hành, 11, tr. 38-39.

7Nguyễn Văn Dịp (1993), Ứng dụng những nguyên lý về sinh vật học và di truyền học để xác định tính chất dịch tễ học của Staphylococcus aureus, Luận án tiến sĩ khoa học Y – Dược, Trường Đại học Y Hà Nội, tr. 3-5.

8Nguyễn Thị Thanh Hà, Hà Thị Liễn và cộng sự (2005), Tính nhạy cảm kháng sinh của  Staphylococcus aureus phân lập từ cộng đồng, Tạp chí Y học dự phòng, tập XV, 5(76), tr. 41-45.

9Nguyễn Thị Thu Hà (2006), Xác định mức độ kháng Oxacilin của Staphylococcus aureus, Luận văn tốt nghiệp cử nhân kỹ thuật y học, Trường Đại học Y Hà Nội, tr. 4-13.

10Phan Thị Hoàng Hảo (2010), Nghiên cứu tạo đột biến khử độc và biểu hiện gen mã hóa kháng nguyên tái tổ hợp Staphylococcal enterotoxin B (SEB) phục vụ cho việc chế tạo kít phát hiện tụ cầu vàng trong thực phẩm, Luận văn thạc sĩ công nghệ sinh học, Trường Đại học Khoa học Đại học Thái Nguyên, tr. 16-17.

11Bùi Khắc Hậu (2002), Nghiên cứu tính kháng thuốc kháng sinh của S. aureus phân lập từ vết mổ nhiễm trùng, Tạp chí Y học thực hành, (9), tr. 54-56.

12Bùi Khắc Hậu (2007), Nhiễm trùng bệnh viện, Vi sinh Y học (Lê Huy Chính chủ biên), Nhà xuất bản Y học, tr. 127-131.

13Bùi Khắc Hậu (2007), Vi sinh vật trong tự nhiên và ký sinh ở người, các đường truyền bệnh, Vi sinh Y học (Lê Huy Chính chủ biên), tr. 122-125. 

14Nguyễn Thị Ngọc Huệ, Tạ Thị Nghĩa Hà, Nguyễn Thị Thanh và cs (2009), Đánh giá tình trạng ô nhiễm vi sinh vật của một số món ăn hải sản sống phổ biến tại các nhà hàng thành phố Nha Trang, năm 2007-2008, Kỷ yếu hội nghị khoa học an toàn vệ sinh thực phẩm Lần thứ 5, Bộ Y tế, tr. 304-311.

15Bùi Thị Mai Hương, Nguyễn Thị Vân Lan, Nguyễn Lan Phương và cs. (2007), Mức độ ô nhiễm và đặc điểm sinh vật hóa học của các chủng  Staphylococcus aureus sinh enterotoxin trong thức ăn đường phố Hà Nội, Kỷ yếu hội nghị khoa học an toàn vệ sinh thực phẩm Lần thứ 4, Nhà xuất bản Y học, tr. 243-249.

16Nguyễn Thị Lai, Lê Kinh Duệ (2000), Nghiên cứu sự cư trú của tụ cầu vàng ở bệnh nhân viêm da cơ địa, Tạp chí Y học thực hành số, 7, tr. 15-17.

17Nguyễn Hùng Long, Lâm Quốc Hùng, Cao Văn Trung và cs (2009), Đặc điểm vệ sinh môi trường và vệ sinh an toàn thực phẩm ở một số cơ sở sản xuất, chế biến thực phẩm năm 2007, Kỷ yếu hội nghị khoa học an toàn vệ sinh thực phẩm Lần thứ 5, Bộ Y tế, tr. 135-144.

18Lý Thành Minh, Cao Thanh Diễm Thúy (2007), Khảo sát sự ô nhiễm vi sinh vật bàn tay người bán thức ăn đường phố ở thị xã Bến Tre năm 2006, Kỷ yếu hội nghị khoa học an toàn vệ sinh thực phẩm Lần thứ 4, Nhà xuất bản Y học, tr. 219-223.  

19Đào Ngọc Phong, Tôn Thất Bách, Nguyễn Trần Hiển và cs (2004), Phương pháp nghiên cứu khoa học trong y học và sức khỏe cộng đồng, Nhà xuất bản Y học, tr. 66-69.

20Nguyễn Đỗ Phúc, Phạm Hùng Vân và cs (2007), Xác định gen sinh độc tố (enterotoxin genes) của vi khuẩn S. aureus bằng kỹ thuật Multiplex-PCR, Kỷ yếu hội nghị khoa học an toàn vệ sinh thực phẩm Lần thứ 4, Nhà xuất bản Y học, tr. 363-369.    

21Diệp Thế Tài, Nguyễn Thị Nguyệt, Trần Chí Thành và cs (2007), Phát hiện E. coli, S. aureus mang gen mã hóa độc tố ruột bằng kỹ thuật multiplex PCR trong thức ăn nhanh tại thành phố Hồ Chí Minh, Kỷ yếu hội nghị khoa học an toàn vệ sinh thực phẩm Lần thứ 4, Nhà xuất bản Y học, tr. 358-362.

22Lê Duy Thành, Đinh Đoàn Long, Trần Thị Hồng (2009), Cơ sở sinh học phân tử, Nhà xuất bản Giáo dục, tr 134-150, tr. 195-200. 

23Văn Đình Tráng (2010), Mức độ nhậy cảm với kháng sinh và phân loại băng PFGE các chủng Acinetobacter baumannii phân lập tại bệnh viện nhiệt đới Trung ương năm 2009, Luận văn Thạc sĩ Y học, Trường Đại học Y Hà Nội, tr. 8-12.

24Lâm Huyền Trân, Võ Hiếu Bình (2009), Vi khuẩn ái khí trong khe mũi giữa của người khỏe mạnh, Y học TP. Hồ Chí Minh, 13 (1), tr. 150-153

25Đào Minh Tuấn (2002), Viêm phế quản phổi tái nhiễm ở trẻ em: Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng và một số nguyên nhân qua nội soi phế quản, Luận án Tiến sĩ Y học, Trường Đại học Y Hà Nội, tr. 124-125.

26Nguyễn Thị Thúy Vân (1996), Góp phần nghiên cứu nhiễm khuẩn huyết do tụ cầu vàng và tình trạng kháng kháng sinh hiện nay, Luận văn thạc sĩ y học, Trường Đại học Y Hà Nội, tr. 4-24.

27Tạ Thành Văn (2010), PCR và một số kỹ thuật y sinh học phân tử, Nhà xuất bản Y học, tr. 11-26

28Nguyễn Thị Vinh (2005), Một số vấn đề vi sinh học liên quan đến điều trị bằng kháng sinh và nhiễm trùng bệnh viện, Tài liệu tập huấn sử dụng thuốc hợp lý trong chăm sóc người bệnh, Bộ Y tế, tr. 35-40.