Xác định tỷ lệ mang gen pap, AFA và mối liên quan giữa kháng thuốc và Gen độc lực của E. coli gây nhiễm khuẩn tiết niệu

E. coli là vi khuẩn gây nhiễm khuẩn tiết niệu (NKTN) hay gặp nhất. E. coli gây NKTN đặc trưng bởi các yếu tố độc lực như: yếu tố bám dính (adhesin), enzym ngoại bào (hemolysin, cytotoxin), kháng nguyên K, aerobactin… Hai gen pap và afa mã hóa kiểu hình tương ứng P fimbriae và afimbriae adhesins (AFAs) là những yếu tố bám quan trọng đối với E. coli gây NKTN [1, 6]. Hiện nay, ở Việt Nam nghiên cứu về vấn đề này còn ít được đề cập đến. Để hiểu rõ hơn về sự phân bố của các gen này ở E. coli gây NKTN trên bệnh nhân  Việt  Nam  và  mối  liên  quan  giữa  kháng thuốc và gen độc lực của vi khuẩn, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài này với mục tiêu:

1. Xác địmh tỷ lệ mang gen pap, afa ở  các chủng E. coli gây NKTN.

2. Đánh giá mức độ kháng kháng sinh  của các chủng E. coli mang gen pap, afa.

II. ĐỐI   TƯỢNG   VÀ   PHƯƠNG   PHÁP NGHIÊN CỨU

1. Đối tượng nghiên cứu:

100 chủng E. coli phân lập được từ bệnh nhân NKTN (80 chủng tại bệnh viện Thanh Nhàn và 20 chủng tại bệnh viện Bạch Mai).

2. Vật liệu nghiên cứu

– Môi trường nuôi cấy, phân lập, định danh vi khuẩn, các khoanh giấy kháng sinh (Bio – Rad).

– Thiết bị dùng trong PCR (Polymerase  chain reaction): Máy PCR, điện di, soi gel (Effendorf).

– Sinh phẩm:

+ Hai cặp mồi xác định gen pap và afa của E. coli [2, 3]:

Gen pap:Pap – f: 5 – GACGGCTGTACTGCAGGGTGTGGCG – 3

pap – r: 5 – ATATCCTTTCTGCAGGGATGCAATA – 3

Gen afa: afa – f: 5 – CGGCTTTTCTGCTGAACTGGCGGC – 3

afa – r: 5 – CCGTCAGCCCCCACGGCAGACC – 3) (của hãng Invitrogen).

+ Dung dịch đệm, nước khử ion, Platinum Blue PCR SuperMix (Invitrogen).

3. Phương pháp nghiên cứu

– Nuôi cấy (cấy đếm), phân lập, định danh E. coli từ bệnh phẩm nước tiểu theo thường quy xét nghiệm vi sinh của WHO [12].

– Tách chiết ADN của E. coli theo  quy trình của viện Karolinska – Thụy Điển [11].

– Tiến hành phản ứng PCR với các chu kỳ sau:

1 chu kỳ: 960C/5; 25 chu kỳ: 940C/1, 650C/1, 720C/2; 1 chu kỳ 72/7; giữ ở 40C đến khi điện di. Sản  phẩm  của  phản  ứng  PCR  được  chạy điện  di, bản  gel  được  nhuộm trong  ethidium bromide 1%.