Đánh giá khả năng gắn kết in silico giữa các kháng sinh cephalosporin thế hệ 5 vói PBP2a bình thường

Đánh giá khả năng gắn kết in silico giữa các kháng sinh cephalosporin thế hệ 5 vói PBP2a bình thường và đột biến của MRSA.Tụ cầu vàng (Staphylococcus aureus) kháng meticillin (MRSA) không chỉ là loại vi khuẩn nguy hiểm gây ra nhiều bệnh nhiễm trùng trên người mà còn không đáp ứng điều trị với các kháng sinh thông thường. Đây là một vấn đề y tế toàn cầu và là một thách thức trong trị liệu. Hiện nay, ngoài việc sử dụng

các nhóm kháng sinh như glycopeptid, oxazolidinon hay íluoroquinolon thì gần đây FDA đã chấp nhận cho ceítarolin (kháng sinh cephalosporin thế hệ 5) được chỉ định trong trường hợp nhiễm khuẩn da hoặc mô mềm do MRSA1U1. Trước đỏ, ceítobiprol – một kháng sinh khác thuộc nhóm này đã được đưa vào điều trị ở Canada và một số nước châu Âu cho trường hợp nhiễm loại vi khuẩn trên [7). Thế nhưng khả năng dẫn đến nguy cơ bị đề kháng khi sử dụng các kháng sinh mới cũng là một vấn đề đáng quan tâm.
Nghiên cứu được tiến hành nhằm mục đích tìm ra các đột biến in silico ở PBP2a của MRSA cỏ khả năng kháng lại kháng sinh cephalosporin thế hệ mới nêu trên đồng thời xác định mức độ đề kháng của các chủng đột biến này.
Đối tượng và phương pháp nghiên cứu
Đối tượng
Cấu trúc phân tử 3D của các kháng sinh ceftobiprol và ceítarolin: các ligand này được xây dựng, sau đó tối thiểu hóa năng lượng, động lực học phân tử rồi tối thiểu hóa năng lượng một lần nữa [8].
Cấu trúc tinh thể tia X của PBP2a tự nhiên được lấy từ ngân hàng dữ liệu Protein Data Bank, sau đó sàng lọc để đảm bảo sự tương thích bởi việc đáp ứng 3 điều kiện cần theo thứ tự ưu tiên là: ligand đồng kết tinh trong protein có cấu trúc gần giống nhất với phân tử nhóm kháng sinh cephalosporin; các acid amin bị thiếu của protein (vì lý do bản quyền hoặc kỹ thuật phân tích) không được nằm trong khoang gắn kết của ligand với protein (khoảng không gian có bán kính 6,5 A tính từ cấu trúc lígand); độ phân giải của protein < 3 A; và cuối cùng điều kiện đủ là kết quả re-docking lần lượt của 3 cấu dạng ligand đồng kết tinh với protein đều cỏ chỉ số RMSD á 2 đồng thời nằm trong top 10 cấu dạng có điểm số docking âm nhất Í2- 5].