Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, kiểu gen củaPneumocystis jirovecii gây viêm phổi trên bệnh nhân HIV/AIDS

Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, kiểu gen củaPneumocystis jirovecii gây viêm phổi trên bệnh nhân HIV/AIDS.Nhiễm HIV/AIDS thường kéo theo các bệnh nhiễm trùng cơ hội do suy giảm hệ thống miễn dịch. Các bệnh nhiễm trùng cơ hội hay gặp thường là nhiễm trùng phổi, hệ thống thần kinh, tiêu hóa, da và niêm mạc. Phổi là cơ quan dễ tổn thương nhất ở bệnh nhân HIV/AIDS, trong đó viêm phổi do Pneumocytis jirovecii là một trong nhưng căn nguyên hàng đầu gây viêm phổi ở bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS.Pneumocystis jirovecii là sinh vật gây bệnh cơ hội bất thường và là căn nguyên gây viêm phổi nặng với tỷ lệ tử vong cao ở những người bị suy giảm miễn dịch. Triệu chứng lâm sàng của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii là khởi phát từ từ, âm ỉ kèm với ho khan, có sốt, mệt, sút cân, khó thở tăng dần, phổi có ran khô, hình ảnh X-quang phổi và cắt lớp vi tính có hình ảnh thâm nhiễm không thuần nhất, lấm tấm khắp hai phế trường, các trường hợp viêm phổi nặng có thể thấy thâm nhiễm từng ổ, xét nghiệm thấy giảm cả hồng cầu, bạch cầu, tiểu cầu, tế bào CD4 giảm nặng (<200 tế bào/mm3)[1].

Cho đến trước năm 1980 viêm phổi do Pneumocystis jirovecii không phổ biến và chủ yếu gây bệnh trên đối tượng mắc hội chứng suy giảm miễn dịch hoặc sử dụng thuốc ức chế miễn dịch kéo dài, đặc biệt là hóa trị ung thư.Tuy nhiên, với sự xuất hiện của đại dịch HIV/AIDS, Pneumocystis jirovecii nổi lên như một căn nguyên gây bệnh phổ biến nhất ở đối tượng mắc HIV/AIDS trên toàn thế giới. Trước đây, khi chưa có phác đồ thuốc dự phòng đặc hiệu cho Pneumocystis jirovecii[2], căn nguyên này được tìm thấy ở hơn 60% số bệnh nhân nhiễm HIV và ước tính trên 80% số bệnh nhân có số lượng CD4 dưới 200 tế bào/ml bị nhiễm Pneumocystis jirovecii[3]. Sau khi sử dụng phác đồ thuốc dự phòng Pneumocystis jirovecii bậc 1 và bậc 2 vào đầu những năm 1990, tỷ lệ nhiễm Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS giảm đáng kể, và tiếp tục giảm mạnh khi áp dụng điều trị bằng thuốc kháng retrovirus hoạt tính cao (HAART)[4], [5]. 
Mặc dù đã có phác đồ thuốc dự phòng và điều trị hiệu quả,Pneumocystis jirovecii vẫn tiếp tục là một trong những căn nguyên gây viêm phổi với tỷ lệ mắc bệnh và tử vong cao ở nhóm bệnh nhân nhiễm HIV/AIDS. Ngày nay, với sự phát triển của các kỹ thuật phân tích sinh học phân tử, trong đó có kỹ thuật khuếch đại các gen (polymerase chain reaction – PCR) và kỹ thuật giải trình tự chuỗi nucleotide (gene sequencing), đã cho phép chẩn đoán chính xác căn nguyên Pneumocystis jirovecii trong các mẫu bệnh phẩm đường hô hấp của bệnh nhân và đặc điểm di truyềncủa chúng mà không cần sử dụng các kỹ thuật xâm lấn. Do đó việc ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử trong chẩn đoán và nghiên cứu vềPneumocystis jirovecii sẽ giúp nâng cao hiệu quả chẩn đoán và kiến thức về dịch tễ học phân tử của loài vi sinh vật này.
Tại Việt Nam, trước đây đã có một số nghiên cứu về bệnh HIV/AIDS cũng như các bệnh nhiễm trùng cơ hội có liên quan, trong đó một số nghiên cứu đã mô tả nhiễm trùng do Pneumocystis jirovecii trên bệnh nhân HIV/AIDS. Các nghiên cứu này mới chỉ tập trung vào đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng cũng như các yếu tố tiên lượng và điều trị mà chưa đề cập đến đặc điểm sinh học phân tửcủa Pneumocystis jiroveciivà mối liên quan giữa đặc điểm sinh học phân tử với các yếu tố lâm sàng, cận lâm sàng. Do đó, để góp phần nâng cao hiệu quả chẩn đoán và điều trị, cũng như làm sáng tỏ cácđặc điểm sinh học phân tử của Pneumocystis jirovecii gây bệnh tại Việt Nam, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài: “Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, kiểu gen củaPneumocystis jirovecii gây viêm phổi trên bệnh nhân HIV/AIDS” với hai mục tiêu:
1.    Mô tả đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng củaviêm phổi doPneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS.
2.    Xác định kiểu gen của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với một số đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của viêm phổi do Pneumocystis jiroveciiở bệnh nhân HIV/AIDS.
MỤC LỤC
Trang
Trang phụ bìa
Lời cam đoan
Lời cảm ơn
Mục lục 
Danh mục chữ viết tắt
Danh mục bảng
Danh mục biểu đồ
Danh mục hình
ĐẶT VẤN ĐỀ    1
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN    3
1.1.Tổng quan về HIV    3
1.2.Tình hình nhiễm HIV/AIDS trên thế giới và Việt Nam    4
1.2.1.    Tình hình nhiễm HIV/AIDS trên thế giới    4
1.2.2.    Tình hình nhiễm HIV/AIDS tại Việt Nam    6
1.3.    Các bệnh nhiễm trùng cơ hội trên bệnh nhân HIV/AIDS    7
1.3.1.    Khái nhiệm nhiễm trùng cơ hội ở bệnh nhân HIV/AIDS    7
1.3.2.    Một số bệnh nhiễm trùng cơ hội thường gặp ở bệnh nhân HIV/AIDS    9
1.4.    Đặc điểm viêm phổi do PJ trên bệnh nhân HIV/AIDS    19
1.4.1.    Đặc điểm vi sinh vật học của pneumocystis jirovecii    19
1.4.2.    Đặc điểm hệ genome của Pneumocystis jirovecii    21
1.4.3.    Đặcđiểm lâm sàng của bệnh nhiễm trùng do Pneumocystis jirovecii    22
1.4.4.    Đặc điểm cận lâm sàng của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii    24
1.4.5.    Dịch tễ học của viêm phổi Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS    28
1.4.6.    Cơ chế bệnh sinh của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii    29
1.4.7.    Điều trị viêm phổi do Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS    31
1.5.    Đặc điểm di truyền học của Pneumocystis jirovecii    32
1.6.    Các phương pháp chẩn đoán Pneumocystis jirovecii    34
1.6.1.    X-quang phổi    35
1.6.2.    Nhuộm soi    35
1.6.3.    Phương pháp miễn dịch    35
1.6.4.    Phương pháp sinh học phân tử    37
1.7.    Một số nghiên cứu về PJ trên bệnh nhân HIV/AIDS trên thế giới và Việt Nam    38
1.7.1.    Trên thế giới    38
1.7.2.    Tại Việt Nam    41
CHƯƠNG 2:ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU    42
2.1.    Đối tượng nghiên cứu    42
2.1.1.    Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân    42
2.1.2.    Tiêu chuẩn loại trừ bệnh nhân    42
2.2.    Địa điểm và thời gian nghiên cứu    43
2.2.1.    Địa điểm nghiên cứu    43
2.2.2.    Thời gian nghiên cứu    43
2.3.    Phương pháp nghiên cứu    43
2.3.1.    Thiết kế nghiên cứu    43
2.3.2.    Phương pháp chọn mẫu    43
2.3.3.    Quy trình nghiên cứu    44
2.4.    Nội dung nghiên cứu    45
2.4.1.    Các nội dung nghiên cứu của mục tiêu 1: Mô tả đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS    45
2.4.2.    Các nội dung nghiên cứu của mục tiêu 2: Đặc điểm phân tử của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS    52
2.5.    Nhập, quản lý và xử lý số liệu    63
2.6.    Đạo đức trong nghiên cứu    64
2.7.    Tính mới và đóng góp của đề tài    64

CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU    67
3.1. Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS    67
3.1.1. Một số đặc điểm của nhóm bệnh nhân    67
3.1.2. Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS    70
3.2. Đặc điểm kiểu gen của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS    83
3.2.1. Đặc điểm kiểu gen của Pneumocystis jirovecii    83
3.3. Mối liên quan giữa đặc điểm phân tử của PJ với lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS    96
CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN    102
4.1. Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của bệnh nhân HIV/AIDS viêm phổi do PJ    102
4.1.1. Một số đặc điểm chung    102
4.1.2. Đặc điểm lâm sàng bệnh nhân HIV/AIDS mắc viêm phổi do PJ    105
4.1.3. Đặc điểm cận lâm sàng bệnh nhân HIV/AIDS mắc viêm phổi doPJ    111
4.2. Đặc điểm kiểu gen của PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS viêm phổi    120
4.3. Mối liên quan giữa đặc điểm kiểu gen của PJ với lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS    124
KẾT LUẬN    132
KIẾN NGHỊ    134
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC