NGHIÊN CỨU PCR ĐA MỒI TRONG CHẨN ĐOÁN SỚM TÁC NHÂN GÂY BỆNH VÀ HƯỚNG DẪN ĐIỀU TRỊ TRONG VIÊM PHỔI BỆNH VIỆN

LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC NGHIÊN CỨU PCR ĐA MỒI TRONG CHẨN ĐOÁN SỚM TÁC NHÂN GÂY BỆNH VÀ HƯỚNG DẪN ĐIỀU TRỊ TRONG VIÊM PHỔI BỆNH VIỆN.Thở máy là một trong những kỹ thuật không thể thiếu trong hồi sức cấp cứu. Những bệnh nhân phải thở máy đa số là những bệnh nhân rất nặng, có nhiều bệnh phối hợp cần phải có thời gian thở máy để duy trì sự sống. Mặc dù có rất nhiều tiến bộ trong việc sử dụng các biện pháp phòng ngừa, các trang thiết bị và phương tiện chăm sóc, các phác đồ điều trị kháng sinh cập nhật nhưng thở máy vẫn có nguy cơ cao dẫn đến viêm phổi liên quan đến thở máy (VPLQTM) và VPLQTM vẫn là một nguyên nhân quan trọng làm gia tăng tỷ lệ tử vong, làm phức tạp quá trình điều trị bệnh lý nền 1. VPLQTM bản chất là một viêm phổi bệnh viện (VPBV) xuất hiện ở những bệnh nhân phải thở máy xâm nhập qua ống nội khí quản (hoặc canuyn mở khí quản) ≥ 48 giờ ở các đơn vị hồi sức tích cực và có tỷ lệ tử vong cao. Ngoài ra, VPLQTM cũng sẽ dẫn đến nhiễm khuẩn huyết, sốc nhiễm khuẩn, hội chứng suy hô hấp cấp tiến triển ARDS 2,3,4. Tiên lượng xấu ở bệnh nhân VPLQTM đã được báo cáo trong nhiều năm qua và chi phí bệnh viện trung bình cho mỗi bệnh nhân tăng 40.000 đô la Mỹ 5.

Điều trị VPLQTM thì cơ bản là sử dụng kháng sinh, việc sử dụng kháng sinh phải càng sớm càng tốt, đặc biệt nếu có sốc nhiễm khuẩn, để cải thiện tiên lượng người bệnh, rút ngắn thời gian thở máy. Mặt khác, việc định hướng vi khuẩn, lựa chọn kháng sinh cũng ảnh hưởng không nhỏ đến kết quả điều trị, nếu sử dụng kháng sinh không phù hợp có thể kéo dài thời gian điều trị và thậm chí tăng tỷ lệ tử vong lên gấp đôi 6.
Việc lựa chọn kháng sinh để điều trị theo kinh nghiệm VPBVVPLQTM đang là vấn đề vô cùng khó khăn trong khi thực tế có sự gia tăng đáng báo động tình trạng vi khuẩn kháng thuốc ở các đơn vị Hồi sức tích cực.
Thông thường định hướng sử dụng kháng sinh trên lâm sàng kinh điển sẽ dựa trên kết quả gợi ý từ việc nhuộm soi bệnh phẩm đờm lấy mẫu ở đầu xa, ở dịch rửa phế quản phế nang, tuy nhiên vì độ nhạy và độ đặc hiệu thấp nên hiện nay không còn sử dụng nữa 7,8. Chẩn đoán chính xác loại vi khuẩn gây VPBVVPLQTM thường dựa trên nuôi cấy truyền thống, phương pháp này cần thời gian dài (24 – 72 giờ) và có độ nhạy thấp nên nếu chờ kết quả để điều trị kháng sinh thì thường chậm so với đòi hỏi của lâm sàng. Vì vậy, cần có một kỹ thuật có độ nhạy cao, thời gian trả lời kết quả ngắn, hiện nay đó chính là kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction- phản ứng chuỗi). Kỹ thuật này có độ nhạy và độ đặc hiệu cao, nó chỉ đòi hỏi từ 4- 6 giờ là đã có thể biết tương đối chính xác căn nguyên vi khuẩn gây bệnh 6. Thêm nữa, là nó có thể phát hiện từ những mẩu ADN hoặc mẩu ARN rất nhỏ chứ không cần vi khuẩn sống ngay cả khi bệnh nhân đã và đang điều trị kháng sinh. Với đặc thù hệ vi sinh vật đường hô hấp đa dạng- phức tạp nên trong nghiên cứu này, chúng tôi áp dụng multiplex realtime PCR (PCR đa mồi định lượng) để có thể khẳng định căn nguyên gây bệnh căn cứ vào số lượng bản sao có trong mẫu bệnh phẩm ban đầu. Chiếm tỷ lệ cao thường gặp ở các khoa Hồi sức tích cực là các vi khuẩn Acinetorbacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Staphylococus aureus 9,10,11,12,13,14. Do đó nghiên cứu của chúng tôi sẽ tập trung phát hiện 5 căn nguyên vi khuẩn thường gặp gây VPBV, VPLQTM này.
Ở Việt nam đã có rất nhiều nghiên cứu về PCR trong các nhóm bệnh lý khác nhau nhưng chưa thực sự có nghiên cứu nào áp dụng multiplex realtime PCR để chẩn đoán nhanh vi khuẩn thường gặp gây VPBV, VPLQTM, vì vậy chúng tôi thực hiện nghiên cứu này nhằm mục tiêu:
1. Nghiên cứu giá trị của multiplex realtime PCR trong chẩn đoán tác nhân gây viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy.
2. Phân tích vai trò của multiplex realtime PCR trong theo dõi điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy

MỤC LỤC
ĐẶT VẤN ĐỀ …………………………………………………………………………………….. 1
CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN………………………………………………………………… 3
1.1. Tổng quan về viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy: …… 3
1.1.1. Định nghĩa viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy: 3
1.1.2. Dịch tễ học viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy:3
1.1.3. Chẩn đoán viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy: 5
1.1.4. Căn nguyên vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan
thở máy………………………………………………………………………….. 10
1.1.5. Sử dụng kháng sinh trong điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm
phổi liên quan thở máy ……………………………………………………. 11
1.1.6. Ngày nằm viện và chi phí điều trị của viêm phổi bệnh viện,
viêm phổi liên quan thở máy ……………………………………………. 12
1.1.7. Điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy …. 12
1.2. Các kỹ thuật vi sinh chẩn đoán căn nguyên gây viêm phổi bệnh viện,
viêm phổi liên quan thở máy …………………………………………………….. 14
1.2.1. Kỹ thuật nhuộm soi trực tiếp: …………………………………………… 14
1.2.2. Các kỹ thuật nuôi cấy vi khuẩn thông thường:……………………. 14
1.2.3. Các phương pháp định danh vi khuẩn ……………………………….. 15
1.3. Tổng quan về quantitative multiplex realtime PCR……………………….. 16
1.3.1. Vài nét về PCR……………………………………………………………….. 16
1.3.2. Nguyên lý kỹ thuật PCR: …………………………………………………. 17
1.3.3. Realtime PCR và Classical PCR……………………………………….. 17
1.3.4. Multiplex PCR (PCR đa mồi):………………………………………….. 19
1.3.5. Quantitative multiplex realtime PCR ………………………………… 191.4. Tình hình nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật multiplex realtime PCR trong
viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy………………………. 20
1.4.1. Tình hình nghiên cứu multiplex realtime PCR ở Việt nam…… 20
1.4.2. Tình hình nghiên cứu multiplex realtime PCR trong viêm phổi
bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máytrên thế giới…………… 22
1.5. Chiến lược sử dụng kháng sinh điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi
liên quan thở máy…………………………………………………………………….. 27
1.5.1. Các căn cứ cơ sở lựa chọn và sử dụng kháng sinh hợp lý điều trị
viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy …………….. 27
1.5.2. Một số phác đồ kháng sinh cụ thể điều trị viêm phổi bệnh viện,
viêm phổi liên quan thở máy ……………………………………………. 36
CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU……… 39
2.1. Đối tượng nghiên cứu ……………………………………………………………….. 39
2.1.1. Đối tượng nghiên cứu ……………………………………………………… 39
2.1.2. Địa điểm nghiên cứu……………………………………………………….. 43
2.1.3. Thời gian nghiên cứu ………………………………………………………. 43
2.2. Phương pháp nghiên cứu……………………………………………………………. 43
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu ………………………………………………………… 43
2.2.2. Tiêu chí đánh giá của nghiên cứu ……………………………………… 44
2.2.3. Các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu ……………………………… 45
2.3. Tiến hành nghiên cứu………………………………………………………………… 57
2.3.1. Quy trình nghiên cứu………………………………………………………………………………. 57
2.3.2. Phác đồ điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở
máy áp dụng trong nghiên cứu ……………………………………………………………. 59
2.3.3. Thu thập số liệu nghiên cứu……………………………………………… 63
2.3.4. Vấn đề đạo đức trong nghiên cứu……………………………………… 66CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU …………………………………………… 69
3.1. Đặc điểm chung của hai nhóm bệnh nhân trong nghiên cứu…………… 69
3.1.1. Đặc điểm chung lúc nhập viện………………………………………….. 69
3.1.2. Một số đặc điểm lâm sàng , cận lâm sàng thời điểm chẩn đoán
viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy …………….. 71
3.1.3. Các yếu tố liên quan đến tỷ lệ tử vong trong nghiên cứu……… 82
3.2. Giá trị multiplex realtime PCR trong chẩn đoán viêm phổi bệnh viện,
viêm phổi liên quan thở máy …………………………………………………….. 85
3.3. Phân tích vai trò của multiplex realtime PCR trong điều trị viêm phổi
bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy……………………………………… 92
3.3.1. Sử dụng kháng sinh phù hợp thời điểm chẩn đoán viêm phổi . 92
3.3.2. Thời gian thở máy, thời gian nằm viện điều trị của hai nhóm
bệnh nhân trong nghiên cứu …………………………………………….. 93
3.3.3. Tỷ lệ tử vong của các bệnh nhân trong nghiên cứu……………… 94
3.3.4. Số bệnh nhân cần áp dụng multiplex realtime PCR để giảm một
bệnh nhân tử vong do viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên
quan thở máy………………………………………………………………….. 95
CHƢƠNG 4: BÀN LUẬN …………………………………………………………………. 96
4.1. Đặc điểm chung của hai nhóm bệnh nhân nghiên cứu: ………………….. 96
4.1.1. Đặc điểm chung lúc nhập viện:…………………………………………. 96
4.1.2. Đặc điểm các bệnh lý đi kèm……………………………………………. 98
4.1.3. Một số đặc điểm lâm sàng của hai nhóm……………………………. 99
4.1.4. Một số đặc điểm cận lâm sàng thời điểm chẩn đoán viêm phổi
bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy…………………………… 100
4.1.5. Các yếu tố liên quan đến tỷ lệ tử vong do viêm phổi trong
nghiên cứu……………………………………………………………………. 106
4.2. Giá trị multiplex realtime PCR trong chẩn đoán viêm phổi bệnh viện,
viêm phổi liên quan thở máy …………………………………………………… 1114.2.1. So sánh khả năng phát hiện 5 loại vi khuẩn gây viêm phổi bệnh
viện, viêm phổi liên quan thở máy giữa multiplex realtime PCR
và nuôi cấy thường quy………………………………………………….. 111
4.2.2. Sự phù hợp kết quả giữa multiplex realtime PCR và nuôi cấy
thường quy đối với 5 loại vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện,
viêm phổi liên quan thở máy ………………………………………….. 116
4.2.3. Giá trị chẩn đoán của multiplex realtime PCR với từng loại vi
khuẩn trong viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy 118
4.2.4. Giá trị chẩn đoán của multiplex realtime PCR trong viêm phổi
bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy do 5 loại vi khuẩn gây
bệnh thường gặp …………………………………………………………… 119
4.3. Phân tích vai trò của multiplex realtime PCR trong điều trị viêm phổi
bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy……………………………………. 121
4.3.1. Sử dụng kháng sinh phù hợp ………………………………………….. 121
4.3.2. Thời gian thở máy, thời gian điều trị, tỷ lệ tử vong do viêm phổi
bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy của hai nhóm bệnh
nhân trong nghiên cứu …………………………………………………… 123
4.3.3. Số bệnh nhân cần áp dụng multiplex realtime PCR để giảm một
bệnh nhân tử vong do viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan
thở máy ……………………………………………………………………….. 126
KẾT LUẬN …………………………………………………………………………………….. 128
KIẾN NGHỊ……………………………………………………………………………………. 130
CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN
LUẬN ÁN
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC

DANH MỤC BẢNG
Bảng 1.1. Ngưỡng chẩn đoán viêm phổi của các mẫu bệnh phẩm………………. 8
Bảng 1.2. Tổng hợp các yếu tố nguy cơ mắc phải các vi khuẩn đa kháng….. 27
Bảng 2.1. Trình tự Primer-Probe sử dụng trong nghiên cứu …………………….. 52
Bảng 2.2. Danh sách các chủng vi khuẩn được sử dụng trong nghiên cứu …. 53
Bảng 2.3. Trình tự các amplicon được sử dụng trong nghiên cứu……………… 54
Bảng 2.4. Lựa chọn kháng sinh dựa trên kết quả multiplex realtime PCR … 61
Bảng 2.5. Diễn giải kết quả tính giá trị chẩn đoán của multiplex realtime PCR .. 65
Bảng 3.1. Đặc điểm chung lúc nhập viện của hai nhóm bệnh nhân trong
nghiên cứu…………………………………………………………………………. 69
Bảng 3.2. Một số đặc điểm lâm sàng …………………………………………………….. 71
Bảng 3.3. Một số đặc điểm xét nghiệm máu…………………………………………… 72
Bảng 3.4. Đặc điểm khí máu động mạch ……………………………………………….. 73
Bảng 3.5. Tổn thương trên phim XQ ngực- cắt lớp vi tính ngực ………………. 74
Bảng 3.6. Kết quả nuôi cấy vi sinh bệnh phẩm đường hô hấp của bệnh nhân
trong nghiên cứu ………………………………………………………………… 75
Bảng 3.7. Phân tích các yếu tố liên quan đến tỷ lệ tử vong ở cả hai nhóm bệnh
nhân trong nghiên cứu ………………………………………………………… 82
Bảng 3.8. Phân tích các yếu tố liên quan đến tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân nhóm
nghiên cứu…………………………………………………………………………. 83
Bảng 3.9. Phân tích các yếu tố liên quan đến tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân nhóm
chứng………………………………………………………………………………… 84
Bảng 3.10. So sánh khả năng phát hiện 5 loại vi khuẩn giữa multiplex
realtime PCR và nuôi cấy thường quy………………………………….. 85
Bảng 3.11. So sánh tỷ lệ phát hiện một loại vi khuẩn giữa multiplex realtime
PCR và nuôi cấy thường quy………………………………………………. 86Bảng 3.12. So sánh tỷ lệ phát hiện hai loại vi khuẩn giữa multiplex realtime
PCR và nuôi cấy thường quy………………………………………………. 87
Bảng 3.13. So sánh tỷ lệ phát hiện ba loại vi khuẩn giữa multiplex realtime
PCR và nuôi cấy thường quy………………………………………………. 88
Bảng 3.14. Sự phù hợp kết quả giữa multiplex realtime PCR và nuôi cấy
thường quy đối với 5 loại vi khuẩn……………………………………….. 89
Bảng 3.15. Giá trị chẩn đoán của multiplex realtime PCR đối với từng loại
vi khuẩn…………………………………………………………………………….. 90
Bảng 3.16. Giá trị chẩn đoán multiplex realtime PCR chung cho cả 5 loại vi
khuẩn………………………………………………………………………………… 91
Bảng 3.17. So sánh việc sử dụng kháng sinh phù hợp khi có kết quả multiplex
realtime PCR giữa hai nhóm nghiên cứu……………………………….. 92
Bảng 3.18. So sánh thời gian thở máy, thời gian nằm khoa hồi sức, thời gian
nằm viện điều trị trong nghiên cứu……………………………………….. 93
Bảng 3.19. So sánh tỷ lệ tử vong của bệnh nhân hai nhóm nghiên cứu ……… 94
Bảng 3.20. Số bệnh nhân cần áp dụng multiplex realtime PCR để giảm một
bệnh nhân tử vong do viêm phổi liên quan thở máy ……………….. 95
Bảng 4.1. So sánh kết quả điều trị của nhóm can thiệp với các nghiên cứu ở
Việt nam trong thời gian gần đây ……………………………………….. 125DANH MỤC BIỂU ĐỒ
Biểu đồ 1.1. Đường khuếch đại ghi nhận cường độ huỳnh quang phát ra từ
ống phản ứng khi nhận được ánh sáng kích thích tương ứng với
từng chu kỳ nhiệt. …………………………………………………………….. 18
Biểu đồ 1.2. Biều đồ kết quả multilex realtime PCR ………………………………. 19
Biểu đồ 3.1. Phân bố tỷ lệ các bệnh lý đi kèm và các yếu tố ảnh hưởng đến hệ
miễn dịch của BN trong nghiên cứu……………………………………. 70
Biểu đồ 3.2. Tỷ lệ phân bố kết quả nuôi cấy 5 loại vi khuẩn ở 2 nhóm nghiên
cứu………………………………………………………………………………….. 76
Biểu đồ 3.3. Tỉ lệ đề kháng kháng sinh của Acinetobacter baumannii……….. 77
Biểu đồ 3.4. Tỉ lệ đề kháng kháng sinh của Klebsiella pneumonia …………… 78
Biểu đồ 3.5. Tỉ lệ đề kháng kháng sinh của Pseudomonas aeruginosa ………. 79
Biểu đồ 3.6. Tỉ lệ đề kháng kháng sinh của Escherichia coli ……………………. 80
Biểu đồ 3.7. Tỉ lệ đề kháng kháng sinh của Staphylococus aureus …………… 8

CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CÔNG BỐ
LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
1. Đinh Thị Thu Hương, Bùi Vũ Huy, Đỗ Ngọc Sơn (2019). Đánh giá các
yếu tố liên quan tỷ lệ tử vong ở bệnh nhân viêm phổi thở máy. Tạp chí y
học Việt nam tháng 9/2019, Tập 482: 124 – 130.
2. Đinh Thị Thu Hương, Bùi Vũ Huy, Đỗ Ngọc Sơn (2019). Khả năng phát
hiện vi khuẩn gây bệnh viêm phổi liên quan thở máy thường gặp của
phương pháp nuôi cấy thường quy và multiplex realtime PCR. Tạp chí y
học Việt nam tháng 12/2019, Tập 485: 202 – 205.
3. Đinh Thị Thu Hương, Bùi Vũ Huy, Đỗ Ngọc Sơn (2019). Hiệu quả điều trị
viêm phổi thở máy do vi khuẩn gây bệnh thường gặp phát hiện bằng
multiplex realtime PCR. Tạp chí nghiên cứu y học, số 132, tập 8, tháng
11/2020: 157 – 165.
4. Đinh Thị Thu Hương, Bùi Vũ Huy, Đỗ Ngọc Sơn (2023). Vai trò của
multiplex realtime PCR trong theo dõi điều trị viêm phổi liên quan thở
máy. Tạp chí y học Việt Nam tháng 01/2023, tập 522: 345- 35