Phổ tác nhân vi sinh gây viêm phổi mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện
Luận án tiến sĩ y học Phổ tác nhân vi sinh gây viêm phổi mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện.Viêm phổi mắc phải cộng đồng là tình trạng viêm phổi xảy ra ở ngoài bệnh viện hoặc trong 48 giờ đầu sau khi nhập viện1, một bệnh rất thường gặp và phổ biến ở mọi lứa tuổi. Tác nhân gây viêm phổi mắc phải cộng đồng thường gặp là các vi khuẩn, virus và vi nấm, trong đó tác nhân vi khuẩn là chủ yếu. Tỷ lệ mắc viêm phổi mắc phải cộng đồng ở các nước đang phát triển cao hơn gấp 5 lần so với các nước phát triển và là nguyên nhân gây tử vong đứng hàng thứ tư trên thế giới2. Ở Việt Nam, theo thống kê của Bộ Y tế3 năm 2018, tỷ lệ mắc viêm phổi ở nước ta là 698/100.000 người, đứng hàng thứ hai sau tăng huyết áp, tỷ lệ tử vong do viêm phổi là 1,15/100.000 người, đứng hàng thứ hai trong các nguyên nhân gây tử vong sau đái tháo đường3.
Một trong các nguyên nhân gây tử vong cao là do kết quả xét nghiệm vi sinh bằng kỹ thuật nuôi cấy truyền thống bị hạn chế trong việc phát hiện tác nhân gây bệnh khó phân lập như Streptococcus pneumoniaevà Haemophilus influenzae,kể cả không phân lập được vi khuẩn không điển hình.
Hiện nay, bằng kỹ thuật sinh học phân tử tiên tiến, nhiều công trình nghiên cứu trên thế giới đã công bố phổ tác nhân vi sinh thật sự gây nhiễm khuẩn hô hấp dưới. Theo công bố của các công trình nghiên cứu trên thế giới, phổ tác nhân vi sinh gây viêm phổi mắc phải cộng đồng đứng đầu là Streptococcus pneumoniae , kế đến là Haemophilus influenza, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aruginosa;một số vi khuẩn đường ruột, không đường ruột và các vi khuẩn không điển hình như Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniaecũng được phát hiện mặc dù tỷ lệ có thấp hơn.4-9 Tác nhân virus thường gặp gồm virus cúm A, B; virus hô hấp hợp bào, virus á cúm. Trái lại ở nước ta, các công trình nghiên cứu tác nhân vi sinh gây viêm phổi mắc phải cộng đồng nhập viện điều trị thì vi khuẩn đứng hàng đầu (không kể nhóm Streptococcus viridans là vi khuẩn thường trú) là Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa,trong khi các vi khuẩn Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzachiếm tỷ lệ rất thấp10-12 , đồng thời có rất ít công trình nghiên cứu phát hiện đầy đủ các tác nhân gây bệnh gồm vi khuẩn, vi khuẩn không điển hình, virus, vi nấm cũng như có sự phân tích vai trò của các tác nhân đồng nhiễm gây bệnh. Đó là do các công trình nghiên cứu ở nước ta thường sử dụng kỹ thuật nuôi cấy truyền thống để phân lập vi khuẩn gây bệnh trong khi các công trình nghiên cứu ở nước ngoài và một số ít ở trong nước sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử PCR để phát hiện tác nhân gây bệnh. Kỹ thuật multiplex real-time PCR là một kỹ thuật hiện đại, có độ nhạy cao và độ đặc hiệu cao13-18 . Kỹ thuật này không những phát hiện vi khuẩn thường gặp mà còn phát hiện vi khuẩn không điển hình và virus gây bệnh, kể cả khi bệnh nhân đã được sử dụng kháng sinh trước đó. Khi không xác định được tác nhân vi sinh thật sự gây bệnh sẽ dẫn đến sử dụng kháng sinh không hợp lý, gây lãng phí và có thể đưa đến sự xuất hiện dòng vi khuẩn kháng thuốc.19-23
Ở nước ta cho đến nay có rất ít các công trình nghiên cứu công bố đầy đủ các tác nhân gây bệnh gồm vi khuẩn, vi khuẩn không điển hình, virus, vi nấm, đa số là các công trình nghiên cứu riêng lẻ thực hiện tại một bệnh viện trong thời gian ngắn, mẫu nghiên cứu hạn chế và chỉ ghi nhận tác nhân vi khuẩn gây bệnh. Chính vì vậy, để phát hiện phổ tác nhân vi sinh thật sự gồm vi khuẩn, virus và vi nấm gây viêm phổi mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện điều trị, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài “Phổ tác nhân vi sinh gây viêm phổi mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện “ với phương pháp phát hiện tác nhân vi sinh thật sự gây bệnh bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR song song với kỹ thuật nuôi cấy truyền thống được thực hiện tại nhiều bệnh viện lớn ở Thành phố Hồ Chí Minh.
MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
(1) Xác định phổ tác nhân vi sinh gây bệnh viêm phổi mắc phải cộng đồng ở người lớn nhập viện bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR và nuôi cấy.
(2) Xác định tỷ lệ phối hợp giữa các tác nhân vi sinh gây bệnh viêm phổi mắc phải cộng đồng.
(3) Xác định mối liên quan giữa tác nhân vi sinh với giới tính, nhóm tuổi và bệnh lý nền kèm theo.
MỤC LỤC TRANG
Lời cam đoan i
Danh mục các chữ viết tắt và thuật ngữ Anh-Việt iv
Danh mục các bảng vi
Danh mục các hình xi
Danh mục các biểu đồ xii
ĐẶT VẤN ĐỀ 1
CHƯƠNG 1 : TỔNG QUAN TÀI LIỆU 4
1.1. Một số khái niệm về viêm phổi 4
1.2. Các tác nhân vi khuẩn gây bệnh 5
1.3. Các tác nhân virus gây bệnh 19
1.4. Các tác nhân vi nấm gây bệnh 24
1.5. Các công trình nghiên cứu có liên quan 2 8
CHƯƠNG 2 : ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 42
2.1. Thiết kế nghiên cứu 42
2.2. Đối tượng nghiên cứu 42
2.3. Thời gian và địa điểm nghiên cứu 42
2.4. Cỡ mẫu nghiên cứu 42
2.5. Xác định các biến số độc lập và phụ thuộc 45
2.6. Phương pháp, công cụ đo lường, thu thập số liệu 47
2.7. Quy trình nghiên cứu 64
2.8. Phương pháp phân tích dữ liệu 65
2.9. Đạo đức trong nghiên cứu 66
CHƯƠNG 3 : KẾT QUẢ 67
3.1. Đặc điểm đối tượng nghiên cứu 67
3.2. Kết quả phát hiện tác nhân vi sinh gây viêm phổi mắc 69
phải cộng đồng
3.3. Sự phối hợp các tác nhân vi sinh gây bệnh viêm phổi 82
mắc phải cộng đồng
3.4. Các mối liên quan 97
3.5. Sự hiện diện của các gene đề kháng kháng sinh 109
CHƯƠNG 4 : BÀN LUẬN 123
4.1. Phổ tác nhân vi sinh gây viêm phổi mắc phải cộng đồng 123
4.2. Tỷ lệ phối hợp các tác nhân vi sinh gây viêm phổi mắc 138
phải cộng đồng
4.3. Các mối liên quan 144
4.4. Sự hiện diện của các gene đề kháng kháng sinh 152
KẾT LUẬN 155
157
KIẾN NGHỊ 157
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC
DANH MỤC CÁC BẢNG TRANG
Bảng 2.1 Phân loại hướng định danh vi khuẩn 50
Bảng 3.1 Phân bố giới tính và nhóm tuổi 67
Bảng 3.2 Tỷ lệ VPMPCĐ đơn thuần và VPMPCĐ 68
có bệnh lý nền
Bảng 3.3 Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn được phát hiện bằng kỹ 69
thuật multiplex real-time PCR
Bảng 3.4 Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn gây VPMPCĐ đơn thuần và 71
VPMPCĐ có bệnh lý nền phát hiện bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR
B ảng 3.5 Tỷ lệ các tác nhân virus được phát hiện bằng kỹ thuật 7 3
multiplex real-time PCR
Bảng 3.6 Tỷ lệ các tác nhân virus gây VPMPCĐ đơn thuần 75
và VPMPCĐ có bệnh lý nền phát hiện bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR
Bảng 3.7 Tỷ lệ các tác nhân vi nấm được phát hiện bằng kỹ thuật 7 6
multiplex real-time PCR
Bảng 3.8 Tỷ lệ tác nhân vi nấm trong VPMPCĐ đơn thuần và 78
VPMPCĐ có bệnh lý nền phát hiện bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR
vil
Tỷ lệ các tác nhân vi khuẩn phân lập bằng kỹ thuật 79
nuôi cấy
Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn gây VPMPCĐ đơn thuần và 81
VPMPCĐ có bệnh lý nền phát hiện bằng kỹ thuật nuôi cấy
Tỷ lệ tác nhân vi khuẩn phối hợp gây VPMPCĐ 83
phát hiện bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR
Phân tích vai trò vi khuẩn trong phối hợp gây VPMPCĐ 85
Tỷ lệ tác nhân virus đơn nhiễm và phối hợp với vi 90
khuẩn
Tỷ lệ phát hiện vi nấm đơn nhiễm và đồng nhiễm 93
với vi khuẩn
Tỷ lệ vi khuẩn phát hiện phù hợp giữa kỹ thuật 95
multiplex real-time PCR và kỹ thuật nuôi cấy
Mối liên quan giữa giới tính, nhóm tuổi, tỷ lệ phát 97
hiện vi khuẩn
Mối liên quan về VPMPCĐ có bệnh lý nền COPD 98
giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi
Mối liên quan về VPMPCĐ có bệnh lý nền ĐTĐ 99
giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi
Bảng 3.19 Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện vi khuẩn bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi 100
Bảng 3.20 Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện vi khuẩn bằng kỹ thuật nuôi cấy giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi 101
Bảng 3.21 Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện vi khuẩn bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR giữa VPMPCĐ đơn thuần với VPMPCĐ có bệnh lý nền COPD, ĐTĐ 102
Bảng 3.22 Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện vi khuẩn bằng kỹ thuật nuôi cấy giữa VPMPCĐ đơn thuần với VPMPCĐ có bệnh lý nền COPD, ĐTĐ 103
Bảng 3.23 Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện vi khuẩn gây VPMPCĐ đơn thuần bằng kỹ thuật multiplex real-time PCR giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi 104
Bảng 3.24 Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện vi khuẩn gây VPMPCĐ đơn thuần bằng kỹ thuật nuôi cấy giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi 105
Bảng 3.25 Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện virus giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi 106
Bảng 3.26 Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện virus gây VPMPCĐ đơn thuần với VPMPCĐ có bệnh lý nền COPD, ĐTĐ 107
Mối liên quan về tỷ lệ phối hợp virus – vi khuẩn giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi
Mối liên quan về tỷ lệ phát hiện vi nấm – vi khuẩn giữa giới tính và giữa các nhóm tuổi
Sự hiện diện của các gene sinh carpabenemase
Liên quan gene sinh carbapenemase với MIC của Meropenem
So sánh giữa kết quả phát hiện gene đề kháng với kết quả kháng sinh đồ
Kháng sinh đồ MIC của một số kháng sinh
Sự hiện diện các gene sinh carbapenemase
Liên quan gene sinh carbapenemase với MIC của Meropenem
So sánh giữa kết quả phát hiện gene đề kháng với kết quả kháng sinh đồ
Sự hiện diện gene sinh ESBL
Các gene sinh ESBL đi kèm gene sinh carbapenemase với MIC của Ceftazidime
Bảng 3.37b Các gene sinh ESBL đi kèm gene sinh 116
carbapenemase với MIC của Cefoxitin và Ceftazidime/Avibactam
Bảng 3.38 Các gene sinh ESBL không kèm các gene sinh 117
carbapenemase với MIC của Ceftazidime, Cefoxitin và Ceftazidime/Avibactam
Bảng 3.39 Các gene sinh AmpC với MIC của Ceftazidime, 118
Cefoxitin và Ceftazidime/Avibactam
Bảng 3.40 Kháng sinh đồ MIC của một số kháng sinh 118
Bảng 3.41 Sự hiện diện các gene sinh ESBL và AmpC 119
Bảng 3.42 Kháng sinh đồ MIC của một số kháng sinh 121
Bảng 3.43 Kháng sinh đồ MIC của một số kháng sinh 122
DANH MỤC CÁC HÌNH TRANG
Hình 2.1 Đánh giá độ tin cậy của bệnh phẩm đàm 49
Hình 2.2 T ác nhân vi khuẩn trên tiêu bản nhuộm Gram 51
Hình 2.3 Các hộp thạch máu tại Phòng xét nghiệm công ty Nam Khoa 53
Hình 2.4 Tủ ấm CO2 tại Phòng xét nghiệm Công ty Nam Khoa 54
Hình 2.5 Đọc kết quả nhuộm Gram tác nhân vi khuẩn 55
Hình 2.6 Tóm tắc cơ chế phát huỳnh quang của Taqman probe 58
trong real-time PCR
Hình 2.7 Máy tách chiết RNA/DNA 59
Hình 2.8 Máy multiplex real-time PCR 60
Nguồn: https://luanvanyhoc.com