Nghiên cứu khả năng gắn kết in silico giữa các kháng sinh cephalosporin thế hệ 5 và PBP2x tự nhiên

Nghiên cứu khả năng gắn kết in silico giữa các kháng sinh cephalosporin thế hệ 5 và PBP2x tự nhiên

Nghiên cứu khả năng gắn kết in silico giữa các kháng sinh cephalosporin thế hệ 5 và PBP2x tự nhiên và đột biến của Streptococcus pneumoniae.Phế cầu khuẩn Streptococcus pneumoniae được biết đến là nguyên nhân phổ biến gây ra một số bệnh nhiễm trùng trên người như viêm phổi, viêm xoang, viêm màng não… Đến nay, việc điều trị vẫn chủ yếu dựa trên các nhóm kháng sinh penicillin kết hợp với chất ức chế p-lactamase, nhóm cephalosporin thế hệ 1, 2, 3, 4, hoặc carbapenem, macrolid hay floroquinolon [1]. Thế nhưng bằng cách tiếp nhận các đột biến thông qua sự tái tổ hợp tương đồng giữa các chủng làm biến đổi cấu trúc của PBP (protein gắn penicillin), s. pneumoniae đã có khả năng đề kháng được nhiều loại kháng sinh kể trên ở mức độ khá cao đặc biệt là trường hợp nhiễm khuẩn trong bệnh viện [1’81. Mặc dù hiện nay chưa được chính thức chấp nhận trong trị liệu nhiễm phế cầu khuẩn nhưng tiềm năng ở tương lai của nhóm kháng sinh cephalosporin thế hệ 5 là rất cao và rất đáng được quan tâm. Nghiên cứu được tiến hành nhằm mục đích xác định khả năng gắn kết in silico của PBP2x ở s. pneumoniae với các kháng sinh cephalosporin thế hệ mới nêu trên đồng thời tìm ra những chủng đột biến ở PBP2x có khả năng kháng lại các kháng sinh này.
Đối tượng và phương pháp
Đối tượng

Cấu trúc phân tử 3D của các kháng sinh cephaíosporin thế hệ 5 (ceítobiprol, ceítarolin): các ligand này được xây dựng, sau đó tối thiểu hóa năng lượng, động lực học phân tử rồi tối thiểu hóa năng lượng một lần nữa [7]. cấu trúc tinh thể tia X của PBP2x tự nhiên được lấy từ ngân hàng dữ liệu Protein Data Bank, sau đó sàng lọc để đảm bảo sự tương thích bời việc đáp ứng 3 điều kiện cần theo thứ tự ưu tiên là: ligand đồng kết tinh trong protein cỏ cấu trúc gần giống nhát với phân tử nhóm kháng sinh cephalosporin; các acid amin bị thiếu của protein (vì lý do bản quyền hoặc kỹ thuật phân tích) không được nằm trong khoang gắn kết của lígand với protein (khoảng không gian có bán kính 6,5 Ả tính từ cấu trúc lỉgand); độ phân giải của protein < 3Ả; và cuối cùng điều kiện đủ là kết quả re-docking lần lượt của 3 cấu dạng ligand đồng kết tinh.

Nghiên cứu khả năng gắn kết in silico giữa các kháng sinh cephalosporin thế hệ 5 và PBP2x tự nhiên

Leave a Comment