Nghiên cứu những yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng phân lập được tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 – 2021)

Luận án tiến sĩ y học Nghiên cứu những yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng phân lập được tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 – 2021).Vi khuẩn kị khí là một trong những căn nguyên gây nhiễm khuẩn ở các cơ quan trên cơ thể người như: áp xe não, gan, phổi, lách, thận, cơ quan sinh dục, nhiễm khuẩn da, cơ, mô mềm, nhiễm khuẩn huyết, nhiễm khuẩn trên người bệnh ung thư [1]. 
Nhiễm khuẩn ở người ít khi do căn nguyên đơn độc mà thường là nhiễm khuẩn hỗn hợp do vi khuẩn ái khí và vi khuẩn kị khí. Vi khuẩn kị khí được xem là nguyên nhân quan trọng gây bệnh và tử vong ở người [2]. Vi khuẩn kị khí chiếm ưu thế nổi bật trong hệ vi khuẩn chí trên cơ thể người, nhất là hệ vi khuẩn chí khoang miệng, đại tràng, các vi khuẩn này được gọi là nhóm gây bệnh cơ hội nội sinh. Ngoài ra, có một số loài vi khuẩn kị khí ngoại sinh (sống bên ngoài cơ thể như bùn đất..) như một số chủng Clostridium spp có thể gây bệnh khi xâm nhập vào cơ thể qua những vết thương, qua đường tiêu hóa và gây bệnh bằng ngoại độc tố [3].

Chẩn đoán vi khuẩn kị khí gây bệnh, phương pháp nuôi cấy vẫn là tiêu chuẩn vàng. Tuy nhiên, quy trình nuôi cấy vi khuẩn kị khí nói chung là phức tạp, tốn kém, đòi hỏi nhiều thời gian và kinh nghiệm. Có nhiều yếu tố góp phần tạo nên thành công, cũng như thất bại của kỹ thuật này như: xác định đúng vị trí nhiễm trùng, thu thập và vận chuyển mẫu bệnh phẩm, các phương pháp tạo khí trường nuôi cấy vi khuẩn kị khí, phân lập và định danh vi khuẩn kị khí cần các trang thiết bị chuyên biệt và kinh nghiệm của người làm xét nghiệm vi sinh.
Thử nghiệm kháng sinh với vi khuẩn kị khí là một việc cần thiết ngay sau khi định danh được vi khuẩn kị khí gây bệnh. Trên thực tế, mức độ gia tăng đề kháng kháng sinh ngày càng nghiêm trọng, đối với vi khuẩn ái khí thì việc giám sát, quản lý việc sử dụng kháng sinh hợp lý đã và đang được quan tâm của bác sĩ lâm sàng, của phòng xét nghiệm vi sinh và các cấp, các ngành trong nước và quốc tế. Tuy nhiên, với vi khuẩn kị khí chưa được đánh giá đúng về tình hình gây bệnh cũng như chưa được giám sát mức độ kháng thuốc ở Việt Nam. Trên thế giới có nhiều nghiên cứu đánh giá mức độ kháng thuốc của vi khuẩn kị khí, nhưng ở Việt Nam thì hầu như chưa có nghiên cứu đánh giá tình trạng kháng thuốc của vi khuẩn kị khí gây bệnh. Ở Việt Nam lý do là kỹ thuật nuôi cấy, phân lập, định danh và thử nghiệm mức độ nhạy cảm với kháng sinh của vi khuẩn kị khí trong các phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng hiện còn gặp nhiều khó khăn về cung ứng sinh phẩm, hóa chất, trang thiết bị, kỹ thuật chưa trở thành thường quy. Mặc dù, đã có một số phòng xét nghiệm triển khai kỹ thuật xét nghiệm này nhưng kết quả còn hạn chế. Vì vậy, nhiễm trùng do nguyên nhân vi khuẩn kị khí dễ bị bỏ sót. Cho đến nay, trên thế giới cũng như Việt Nam chưa có nghiên cứu nào đánh giá toàn diện các yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí và cũng chưa có nghiên cứu nào so sánh hiệu quả của 4 phương pháp tạo khí trường kị khí hiện có tại Việt Nam. 
Vì vậy, dựa vào thực tế nhiều năm thực hiện kỹ thuật nuôi cấy, phân lập vi khuẩn kị khí tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức kết hợp với xu hướng phát triển công nghệ mới hiện nay, đề tài hướng đến việc phân tích các yếu tố ảnh hưởng đến quá trình nuôi cấy và hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí. Từ đó, đề xuất các điều kiện cần thiết cho quy trình nuôi cấy và thử nghiệm kháng sinh đồ với vi khuẩn kị khí tại các phòng xét nghiệm hiện nay. 
Xuất phát từ những thực tiễn trên, đề tài: “Nghiên cứu những yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí và đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng phân lập được tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015 – 2021)” được tiến hành nghiên cứu với mục tiêu là:
1.     Đánh giá một số yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015-2021).
2.     Xác định đặc điểm phân bố và mức độ kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn kị khí phân lập được tại Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức (2015-2021).

MỤC LỤC
Trang
Trang phụ bìa
Lời cảm ơn
Lời cam đoan
Mục lục
Danh mục chữ viết tắt
Danh mục bảng
Danh mục biểu đồ
Danh mục hình
ĐẶT VẤN ĐỀ    1
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU    3
1.1. Tổng quan về các vi khuẩn kị khí    3
1.1.1. Đặc điểm chung của vi khuẩn kị khí    3
1.1.2. Một số loài vi khuẩn kị khí gây bệnh thường gặp    6
1.2. Một số yếu tố tác động đến hiệu quả nuôi cấy, phân lập vi khuẩn kị khí    17
1.2.1. Lựa chọn và thu thập các loại bệnh phẩm nuôi cấy vi khuẩn kị khí    18
1.2.2. Thời gian và môi trường vận chuyển bệnh phẩm    19
1.2.3. Các phương pháp tạo khí trường nuôi cấy vi khuẩn kị khí    20
1.2.4. Yếu tố thời gian nuôi cấy và phân lập vi khuẩn kị khí    22
1.3. Tình hình nghiên cứu về vi khuẩn kị khí trên thế giới và Việt Nam    23
1.4. Đặc điểm kháng kháng sinh của vi khuẩn kị khí    29
1.4.1. Tình hình kháng kháng sinh của cầu khuẩn kị khí    29
1.4.2. Tình hình kháng kháng sinh của trực khuẩn Gram dương kị khí    29
1.4.3. Tình hình kháng kháng sinh của Clostridium    30
1.4.4. Tình hình kháng kháng sinh của nhóm trực khuẩn Gram âm kị khí    30
1.4.5. Các kỹ thuật kháng sinh đồ thử nghiệm với vi khuẩn kị khí    32
Trang
CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU    36
2.1. Đối tượng nghiên cứu    36
2.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu    36
2.3. Nội dung nghiên cứu    36
2.3.1. Tiêu chí đánh giá mục tiêu 1    36
2.3.2. Tiêu chí đánh giá mục tiêu 2    36
2.4. Tiêu chuẩn lựa chọn đối tượng nghiên cứu    36
2.4.1. Loại bệnh phẩm mủ và dịch được thu thập trong phẫu thuật hoặc thủ thuật của các vị trí nhiễm trùng sau    37
2.4.2. Khối lượng và thể tích mẫu và môi trường vận chuyển mẫu bệnh phẩm    37
2.4.3. Thời gian vận chuyển mẫu bệnh phẩm    38
2.5. Tiêu chuẩn loại trừ    38
2.6. Các khái niệm và thuật ngữ nghiên cứu    40
2.7. Phương pháp nghiên cứu    41
2.7.1. Phương pháp nghiên cứu    41
2.7.2. Cỡ mẫu nghiên cứu    41
2.7.3. Phương tiện và vật liệu nghiên cứu    42
2.7.4. Các bước tiến hành nghiên cứu    43
2.8. Thu thập thông tin bệnh nhân    60
2.9. Phân tích số liệu    60
2.10. Đạo đức nghiên cứu    60
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU    61
3.1. Đặc điểm tuổi, giới của người bệnh trong nghiên cứu    61
3.2. Một số yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí    62

Trang
3.2.1. Ảnh hưởng của loại bệnh phẩm đến khả năng mẫu dương tính vi khuẩn kị khí    62
3.2.2. Ảnh hưởng của thể tích mẫu bệnh phẩm đến khả năng mẫu bệnh phẩm dương tính vi khuẩn kị khí    67
3.2.3. Ảnh hưởng của môi trường và khối lượng mẫu bệnh phẩm đến khả năng mẫu bệnh phẩm dương tính vi khuẩn kị khí    68
3.2.4. Ảnh hưởng của thời gian nuôi cấy vi khuẩn kị khí đến khả năng mẫu bệnh phẩm dương tính vi khuẩn kị khí bởi các phương pháp tạo khí khác nhau    70
3.2.5. Ảnh hưởng của phương pháp tạo khí trường kị khí đến khả năng mẫu bệnh phẩm dương tính vi khuẩn kị khí    71
3.3. Đặc điểm phân bố và kháng kháng sinh của các chủng phân lập được    78
3.3.1. Đặc điểm phân bố các loài vi khuẩn kị khí phân lập được    80
3.3.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn kị khí phân lập được    81
CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN    107
4.1. Một số yếu tố ảnh hưởng đến hiệu quả phân lập vi khuẩn kị khí    107
Đặc điểm tuổi giới của người bệnh được thu thập mẫu bệnh phẩm trong nghiên cứu    107
Đặc điểm loại mẫu bệnh phẩm    107
4.1.1. Ảnh hưởng của loại bệnh phẩm đến tỉ lệ dương tính vi khuẩn kị khí    107
4.1.2. Ảnh hưởng của môi trường vận chuyển và khối lượng mẫu bệnh phẩm đến khả năng dương tính vi khuẩn kị khí của bệnh phẩm    111
4.1.3. Yếu tố thời gian vận chuyển bệnh phẩm đến phòng xét nghiệm ảnh hưởng đến khả năng bệnh phẩm dương tính vi khuẩn kị khí    113

Trang
4.1.4. Ảnh hưởng của thời gian nuôi cấy vi khuẩn kị khí đến khả năng mẫu bệnh phẩm dương tính vi khuẩn kị khí    115
4.1.5. Ảnh hưởng của các phương pháp tạo khí trường kị khí đến khả năng dương tính vi khuẩn kị khí của bệnh phẩm    117
4.2. Đặc điểm phân bố và kháng kháng sinh của các chủng phân lập được    120
4.2.1. Đặc điểm phân bố các loài vi khuẩn kị khí phân lập được    120
4.2.2. Đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn kị khí phân lập được    122
KẾT LUẬN    131
KIẾN NGHỊ    133
ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN
DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU KHOA HỌC ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC